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哈萨克族原来信仰原始宗教，后改信祆教、佛教、景教，8世纪开始改
宗伊斯兰教。
乌兹别克族原住在中亚撒马尔罕、布哈拉、塔什干一带，670年左右改
信伊斯兰教，14世纪后陆续迁入新疆地区。
柯尔克孜族于6世纪前已有部分人进入新疆，10世纪中叶开始信仰伊斯
①
兰教（有说晚到16世纪后半期，并且未曾达到全民族改信伊斯兰教） 。
塔吉克族10世纪开始信伊斯兰教，16世纪末17世纪初改奉伊斯玛仪十
叶派。
塔塔尔族也是10世纪始信伊斯兰教的。
维吾尔族的祖先在唐时称回纥，后改称回鹘，元明时称畏吾儿。在长期
的历史中，融合蒙古人、汉人、塔吉克人、土库曼人等，形成今天的维吾尔
族。最先信仰萨满教，后皈依摩尼教、佛教。公元960年，伊斯兰教传入新
疆哈什地区的哈拉汗国属地，第一任布格拉汗首先信奉了伊斯兰教，随之，
汗国居民全部信了伊斯兰教。11世纪，伊斯兰教传入于阗，13世纪传到库车，
②
到16世纪初，维吾尔族全部信奉了伊斯兰教 。
清朝政府初识新疆地区的伊斯兰教，是在平定准噶尔部叛乱时。
1690年，蒙古准噶尔汗噶尔丹率部犯清，被清军打败。1695年开始，清
朝政府开始主动进攻准噶尔部，大获成功，将准噶尔部压迫到新疆地区，并
准备进一步的进攻。1696年，哈密阿奇木伯克额贝都拉转附清朝，这是一个
① 参见王友三主编《中国宗教史》，齐鲁书社1991 年版，第788 页。
② 参见马通《中国伊斯兰教派与门宦制度史略》，宁夏人民出版社1983 年版。
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信奉伊斯兰教的地方政权。1755年，清军最后消灭了准噶尔达瓦齐汗部，平
定了天山以北地区，随后开始解决天山南部地区的归附问题。当时，天山南
部处于三种势力控制之下，一部分地区，如焉耆、库车、阿克苏、乌什等地，
处在达瓦齐控制之下；哈密、吐鲁番等地已归附清朝；喀什噶尔、叶尔羌、
①
和田等塔里木盆地南缘地区，为黑山派首领控制 。达瓦齐汗部被消灭后，天
山南的准噶尔部也就瓦解了。清朝政府余下的问题是如何对待黑山派。
黑山派和白山派，也称黑旗派（或黑帽派）和白旗派（白帽派），是天
山南部信仰伊斯兰教伊禅（又译伊善）派的两个派别。严格说，这不是两个
教派，而是在南疆地区争夺统治权的两股家族势力。
关于伊禅派的性质和起源，有的说属于苏菲派，有的将其归在十叶派旗
下。最早是由一位名叫加拉里丁·克特柯的人带入维吾尔地区的。伊禅，据
考证是波斯语“他们”的音译，用来指称被教徒崇拜的圣者。伊禅派的首领
称“和卓”（又译“和加”），这也是一个波斯语音译，原是波斯萨尼王国
的一种官职名称，也称“学者”、“贵人”，后来，在中亚地区被称作出身
②
圣裔的人 。据刘志霄著《维吾尔族历史》一书，成吉思汗的后代，察合台汗
国的秃黑鲁·铁木尔汗于1322年向阿克苏地方的伊斯兰教长加拉里丁作了信
仰伊斯兰教的表白。加拉里丁·克特柯的儿子和卓额西丁继承父业，帮助秃
黑鲁·铁木尔在天山北部推行伊斯兰教。作为报偿，额西丁家族被赋予世袭
库车、阿克苏、乌什地区宗教司法官——喀孜的特权。在1513年赛伊德建立
叶儿羌汗国之前，伊禅派在天山南部是统一的，额西丁家族一直是这个教派
的世袭首领。叶尔羌汗国统一天山南部后，要抵销和摆脱控制这一地区宗教
生活的额西丁家族，叶尔羌的热西德汗请一位伊禅派教士和卓穆罕德默·谢
日夫来到叶尔羌，热西德汗成了谢日夫的信徒。这样，天山南部就不再是额
西丁家族的一统天下，而是有两个伊禅派势力。
叶尔羌的克里木汗时期，一个自称伊斯兰教创始人穆罕默德23世子孙的
人，名叫伊斯哈克·瓦力，来到叶尔羌。后来，他向叶尔羌汗国密报了撒玛
尔罕军队奔袭叶尔羌的消息，使叶尔羌获胜，因而伊斯哈克·瓦力取得在喀
什噶尔传教的权力。不久，伊斯哈克·瓦力拜访额西丁之子阿布杜·热依木，
后者成了伊斯哈克·瓦力的信徒，这是额西丁家族退出天山南部宗教舞台的
标志。
叶尔羌汗国到阿布杜拉汗统治后期出现分裂，阿布杜拉与其长子尧勒瓦
斯不合。尧勒瓦斯为了打击阿布杜拉的势力，有意识地扶植一种新的宗教力
量，他选中了伊斯哈克·瓦力的异母长兄和卓穆罕默德·依敏（此人后来称
作伊禅喀兰，即伊禅之首的意思）以对抗伊斯哈力·瓦力。伊禅喀兰死后，
他的两个儿子尤素甫和和卓·阿帕克在尧勒瓦斯支持下，不到一年时间就在
喀什噶尔得势。天山南部的伊禅伊斯兰教中就出现“伊西克亚”与“伊斯哈
克亚”的两派，前者为白山派，后者为黑山派。以后，这两派参与南疆地方
政权的争夺，成了两股政教合一的地方势力。
白山派和黑山派进行了长期的权力争夺。但两派内部的相互残杀也很激
烈。例如，白山派的阿帕克和卓死后，他的继室哈奈姆帕夏和阿帕克的长子
叶海亚之间为争夺帕夏（皇帝）的位置，大动干戈，哈奈姆帕夏暗杀了叶海
① 参见刘志霄《维吾尔族历史》，民族出版社1985 年版。第463 页。
② 参见王友三主编《中国宗教史》，齐鲁书社1991 年版，第796 页。
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亚和他的两个儿子，叶海亚的第三个儿子和卓·艾赫麦德被白山派藏起来。
此时，黑山派的首领地位转移到伊斯哈克·瓦力家族中的达尼亚手中。 1715
年，准噶尔部的策妄阿拉布坦进攻叶尔羌和喀什噶尔，先是达尼亚投降，后
白山派的艾赫麦德被俘。他们俩都被准噶尔军队押往伊犁。不久，达尼亚被
释放回南疆，他的儿子和卓·加罕继续作为人质留在伊犁。清军灭了准噶尔
达瓦齐部，被准噶尔囚禁在伊犁的和卓·艾赫麦德和他的两个儿子和卓·波
罗尼都和罕和卓落到清军手里。正值清军平定了准噶尔部，在复杂的南疆不
知如何立脚的时候，他们放回了波罗尼都，清军给他的职责是将“所有回人
①
（维吾尔）应输贡赋，查明数目，令其交纳。”这样，清朝政府就将白山派
作为控制南疆的依靠力量了。这当然会引起黑山派的不满。黑山派以清廷为
敌，纯粹是因为它支持自己的宿敌白山派。
由于清廷的支持，白山派在天山南部得了势，可是，它很快又将清廷视
为自己扩充势力的障碍，波罗尼都的弟弟罕和卓首先决定在“反对异教徒”
的口号下反清，波罗尼都初时犹豫，后来被弟弟说服了。1759年，清军最后
平定了这次叛乱，从此，天山南部地区完全统一于清政府的行政管辖之下。
清朝政府尔后的任务就是如何在这块信仰伊斯兰教的土地上巩固自己的统
治。为此，清政府从军事、政治、经济、文化等几个方面实施了一整套措施。
根据《维吾尔族历史》一书的研究，与宗教政策有关的表现在以下几个方面。
在政治上，确定新的行政建制，限制地方封建势力，消除产生分裂割据
的隐患。
清政府在新疆地区实行三种行政体制，一是扎萨克制，二是郡县制，三
是伯克制。扎萨克制是产生于游牧部落的一种社会组织形式，清政府在北疆
的蒙古族和哈萨克族游牧部落仍然推行这种制度。扎萨克被授予�