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化石所显示的证据是，很多生物突然同时绝灭，然后很多新种突然同时出现，接着是一段长期稳定的时期。其中最著名的两次物种大绝灭是二叠纪大绝灭（Permianextinction）和“K…T’大绝灭。二叠纪是一个地质时期（被认为约在2．5亿年前），在那次绝灭中，海洋中百分之五十的无脊椎动物的“科”（Family），百分之九十以上的动物的“种”一同绝灭。K－T表示白垩纪（Cretaceous）和第三纪（Tertiary）这两个地质时期的交界处。恐龙在白垩纪（被认为约在六千五百万年前）非常多，但从白垩纪进入第三纪立即消失得无影无踪。到现在为止，恐龙绝灭之谜仍未解开。多数证据趋向于认为是天灾（如大量的殒石撞击地球等）所致。人们的常识也不利于均变论。比如说，煤是植物的遗体形成的，而石油是动物的遗体变成的。世界各地都常常发现大片大片的煤田和含油的岩层。这说明在这些区域，动、植物是同时大量死亡、同时被埋藏在地下的。这是均变学说无法解释的。均变说如果被否定，达尔文的进化论将失去另一重要理论支柱。
中间环节的缺失
一般人都以为，化石为进化论提供了充分依据。其实，达尔文主义的最大困难正是化石的证据。进化论最大的敌人不是宗教领袖而是研究化石的专家们。达尔文发表《物种起源》不久，在德国的一个石灰岩层发现一个动物化石，被取名为“始祖鸟”（ArchaeoPteryx），兼具爬行动物和鸟类的特征，被认为是由爬行类进化到鸟类的中间类型。进化论者为之雀跃，以为进化论已找到充分的证据。然而达尔文本人十分清楚，化石的证据显明中间类型的缺失，对他的理论是致命伤。但他推诿于化石记录的不完全。
经过一百多年的努力，科学家们已发现许多保存相当完整的地层，对其中所保存的化石也作了深入而系统的研究，中间类型的化石仍难寻觅。“始祖鸟”化石到目前为止只发现两例，这是很难解释的。如果动物真是从无脊椎到脊椎动物，从鱼类到两栖类、爬行类，然后再到鸟类和哺乳类这样进化来的，那么中间类型的活物或化石应该随处可见，俯首皆拾才对。如果说达尔文当年尚有借口，那么今天的进化论者面对化石的难题再不能自圆其说了。
虽说这些极为罕见的中间类型的化石，如始祖鸟和介于鱼类和两栖类之间的“总鳍鱼”，有很多可疑之处，但总还可以被当作是进化的中间环节。骨骼在外、肉质部分在内的软体动物（如蜗牛、蛤蚌等）如何翻个个儿变成骨骼在内、肉质部分在外的脊椎动物的，一点线索都没有。由单细胞生物进化到软体动物的证据也找不到，连借口也难寻。
按自然选择理论，适者生存。因此，始祖鸟应该比爬行类更进化，而鸟类又较始祖鸟的适应力强。可为什么比始祖鸟原始的爬行类和比始祖鸟更进化的鸟类现在都存活于世而唯独始祖鸟被淘汰了呢？推而广之，在现今的地球，从最原始的病毒到最高级的人类，各种类型的动、植物都共存着，恰恰中间类型都没有了。在生存的物种中没有，在化石中也找不到。这是进化论违反常理之处。符合逻辑的解释是，这些中间类型的生物也许根本没有出现过。
综上所述，达尔文的自然选择假说与事实之间有很多矛盾。故随着时间的推移和研究的深入，这些矛盾变得更加尖锐而不可调和。詹腓力在《审判达尔文》一书中尖锐地指出：“在此我要提出一个最基本的问题。既然达尔文主义有这么多问题，进化论又缺乏更理论的构架来取代，为什么我们不重估整个构架？科学家有什么理由绝对确知所有的生物真是从唯一的简单生物开始的呢？”
第六章 创造论与进化论 七、论战的实质
既然达尔文的进化论从一开始就面临着如此多的困难，为什么进化论却能冲破西方有神论的强大思想体系破土而出并被广泛接受呢？如果达尔文主义真象前面所分析的那样四面楚歌，为什么许多国家的教科书里仍教授进化论而不讲授神创论呢？这是很多人的疑问，也曾使我颇为困惑。很多人以为，达尔文的进化论能如此迅速地风靡全世界，想必在学术上有独到之处，有充分的科学依据。这种疑惑是源于一种误解，以为进化论和创造论之争是学术之争，以为是科学上的新发现才使人们由创造论转向进化论的。其实，进化论与创造论之争不是学术之争，而是哲学、信仰、世界观之争。为了说明这一点，我们需要简略地回顾一下现代科学的发展过程。
第五章已谈到，在中古时代，亚里斯多德的理性主义雄踞西方科学界、思想界。对亚里斯多德的宇宙观，周功和牧师在《基督教科学观》一书中是这样描述的：“至于宇宙论，亚里斯多德的看法是宇宙乃由五十五个同心圆球所构成。最中心的圆球是地球，向外依次为水、气、火以及天上星体的圆球。……每个圆球都有灵性，神在最外圈的圆球以外，而产生转动。这样的转动是此圆球对神的吸引的一种反应，带动整个宇宙各圆球的转动。如此，神就是使圆球旋转的终极因。”中古教会受亚里斯多德的影响，认为圣经中的神是宇宙的终极因或第一因，同时相信地球是宇宙的中心。
出于哥白尼、伽利略等人的努力，日心说被确立，揭开了以观察、实验为主要手段的现代科学的序幕。这是一个巨大的进步。但是，人们在抛弃亚里斯多德的地心说的同时，把神是宇宙的第一因的观点也抛弃了。虽然在现代科学发展初期涌现出以牛顿为代表的一大批杰出的基督徒科学家，但在现代科学发展的过程中，反对超然因素，站在纯粹自然的立场观察，描述自然的自然主义（或人文主义）的世界观逐渐在科学界占据优势。牛顿时代，人们都相信神是宇宙万物和人的创造者。到达尔文时代，神的创造受到怀疑，生物的来源就留下了空白。因此，试图用物理、化学的自然方法来解释生命之源的各种假说就应运而生。
达尔文并不是进化论的第一位倡导者。在他以前，进化的思想已经出现了。进化思想的产生是对神的信仰衰落的结果。池迪克博士（Dr．DonaldE．Chittick）在他的《针锋相对——创造·进化论战的根源》（TheControversrsy：RootsoftheCreationEvolutionCopflict）一书中指出：“达尔文曾经历信仰崩溃。有人或以为达尔文是经过多年研究，才接受了进化论。其实，在他对信仰的信心减退的时候，他对进化论的信心才建立起来。进化论被用以弥补否定“创造’后遗留下来的空缺。并不是进化论有什么吸引人的地方，能把科学事实解释得更加合理。进化论只是人摒弃‘创造’后，用作弥补空缺的代替品而已。”达尔文推出进化论的过程正是如此。
前面已经谈到，达尔文在发表《物种起源》时就面对着几个极为严重的困难。第一是化石的难题：寒武纪生命大爆炸和过渡型生物的化石罕见。他本人承认化石的证据是“最明显的反对我的进化论的最大理由。”他也坦白地说对此“我不能提供满意的答案，”“自然界好象故意隐藏证据，不让我们发现过渡性的中间型。”
第二个困难是进化所需要的漫长时间。他提出的自然选择假说主张连续、渐进的变化。与达尔文同时代的英国著名物理学家开水文（W．Thomson，LordKelVn）用物理学计算地球的年龄只有一千五百万年到三千万年，不足以令进化论成立，使达尔文很恼火。但开尔文用物理定律所得的结论，达尔文又无从反驳，故地称开尔文为“讨厌的幽灵”。同时，尽管化石的记录支持地球环境突变或灾变的假说，但达尔文仍接受了与化行证据不符的赖尔的均变假说，因为这不仅与地的连续、渐变的进化假说相似，而且可以提供进化所需要的漫长历史时期。第三，创造的证据比比皆是，眼睛就是一个好例子。达尔文承认眼睛不可能由自然选择形成，以致于他发表《物种起源》之后，他一想到眼睛仍感到害怕。
我个人十分欣赏达尔文这种坦诚的态度，丝毫不隐瞒自己的困惑、烦恼和惊骇。正是从他本人的内心表白中，我们可以比较清楚地看到达尔文进化论产生的过程：凭着无神的、要用纯自然的方法阐明生命起源的信心和决心，基于有限的观察，提出进化假说，然后选择性地寻找支持其�