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》云：“复次，生死相续，由内因缘，不待外缘，故唯有识。”又云：“内境与识，既并非虚，如何但言唯识非境？识唯内有，境亦通外，恐滥外故，但言唯识。或诸愚夫迷执于境，起烦恼业，生死沉沦，不解观心勤求出离，哀愍彼故说唯识言，令自观心解脱生死，非谓内境如外都无。或相分等皆识为性，由熏习力似多分生，真如亦是识之实性，故除识性无别有法。此中识言亦说心所，心与心所定相应故。”又云：“诸心心所依他起故，亦如幻事，非真实有，为遣妄执心心所外实有境故，说唯有识。若执唯识真实有者，如执外境，亦是法执。”《大乘法苑义林章·唯识章》云：“今此多取简持解唯识者，心也。由心集起彩画为主之根本，故经曰唯心；分别了达之根本，故论称唯识。或经义通因果，总言唯心；论说唯在因，但称唯识，识了别义在因位中识用强故。”又《成唯识论》云：“既有异境，何名唯识？奇哉固执，触处生疑，岂唯识教但说一识？不尔如何，汝应谛听。若唯一识，宁有十方凡圣尊卑因果等别？谁为谁说？何法何求？故唯识言有深意趣，识言总显一切有情各有八识、六位心所、所变相见、分位差别及彼空理所显真如，识自相故，识相应故，二所变故，三分位故，四实性故，如是诸法皆不离识，总立识名；唯言但遮愚夫所执定离诸识实有色等。若如是知唯识教意，便能无倒善备资粮，速入法空，证无上觉，救拔含识生死轮回，非全拨无恶取空者违背教理能成是事，故定应信一切唯识。”从如上引文可以看出，唯识学的唯识义是与缘起论本义相符顺的，而且又有不共余宗的特胜处，这就是唯识义有破有立，以显诸法实相中道为宗。唯识义的主旨在于转识成智、出离解脱。唯识法门是观心修证的方法论，故它唯在因位、内在及事用上立义，唯识者就是唯阿赖耶识。大乘阿毗达磨经颂云：“无始时来界，一切法等依，由此有诸趣，及涅槃证得。”又云：“由摄藏诸法，一切种子识，故名阿赖耶，胜者我开演。”这说明阿赖耶识是一切法的根本依，但此识并非本体，亦非自性神我，如《解深密经》云：“阿陀那识甚深细，一切种子如瀑流，我于凡愚不开演，恐彼分别执为我。”阿赖耶识也称阿陀那识，有执持义。由此可知唯识学确是一种殊胜法门，有别意趣。关于阿赖耶识为根本依义，《显扬圣教论》云：“此阿赖耶识亦是有情世间生起根本，能生诸根、根所依处及转识等故；亦是器世间生起根本，能生器世间故；又即此识亦是一切有情互相生起根本，一切有情互为增上缘故。”关于阿赖耶识的体相，《成唯识论》云：“阿赖耶识为断为常？非断非常，以恒转故。恒谓此识无始时来一类相续，常无间断，是界趣生施设本故，性坚持种令不失故。转谓此识无始时来念念生灭，前后变异，因灭果生非常一故，可为转识熏成种故。恒言遮断，转表非常，犹如瀑流，因果法尔。如瀑流水非断非常，相续长时，有所漂溺；此识亦尔，从无始来生灭相续，非常非断，漂溺有情令不出离。又如瀑流，虽风等击起诸波浪而流不断；此识亦尔，虽遇众缘起眼识等而恒相续。又如瀑流漂水上下，鱼草等物随流不舍；此识亦尔，与内习气外触等法恒相随转。如是法喻，意显此识无始因果非断常义，谓此识性无始时来刹那刹那果生因灭，果生故非断，因灭故非常，非断非常是缘起理，故说此识恒转如流。”通过如上引文可以证知，唯识学的阿赖耶识义就是唯识缘起义。唯识学广演法相妙义，也依四缘来阐释缘起谛理。何谓四缘？一因缘，二等无间缘，三所缘缘，四增上缘。四缘依何处立？《成唯识论》云：“所说四缘依何处立？……论说因缘依种子立，依无间灭立等无间，依境界立所缘，依所余立增上。”四缘不仅条理井然，更具全面概括性。《中论》也云：“一切所有缘，皆摄在四缘，以是四缘万物得生。”这些论断都是对四缘方法论意义的肯定。
因缘者，《成唯识论》云：“一因缘，谓有为法亲办自果。此体有二：一种子，二现行。种子者，谓本识中善染无记诸界地等功能差别，能引次后自类功能，及起同时自类现果。此唯望彼是因缘性。现行者，谓七转识及彼相应所变相见性界地等，除佛果善、极劣无记，余熏本识生自类种。此唯望彼是因缘性。”唯识学诠因缘义特立种子，意趣甚深，对众生于法种种迷执，俱能断除破遣。以种子义释因缘是唯识因果论殊胜之处，也是唯识善巧之处。关于种子，《成唯识论》又云：“此中何法名为种子？谓本识中亲生自果功能差别，此与本识及所生果不一不异，体用因果理应尔故。虽非一异而是实有，假法如无非因缘故。此与诸法既非一异，应如瓶等是假非实，若尔真如应是假有，许则便无真胜义谛。然诸种子唯依世俗说为实有，不同真如。种子虽依第八识体，而是此识相分非余，见分恒取此为境故。”又云：“然种子义，略有六种：一刹那灭，谓体才生，无间必灭，有胜功力，方成种子。此遮常法常无转变，不可说有能生用故。二果俱有，谓与所生现行果法俱现和合，方成种子。此遮前后及定相离，现种异类互不相违，一身俱时有能生用，非如种子自类相生，前后相违必不俱有。虽因与果有俱不俱，而现在时可有因用，未生已灭无自体故。依生现果立种子名，不依引生自类名种，故但应说与果俱有。三恒随转，谓要长时一类相续，至究竟位，方成种子。此遮转识转易间断，与种子法不相应故，此显种子自类相生。四性决定，谓随因力生善恶等功能决定，方成种子。此遮余部执异性因生异性果有因缘义。五待众缘，谓此要待自众缘合，功能殊胜，方成种子。此遮外道执自然因，不待众缘恒顿生果；或遮余部缘恒非无，显所待缘非恒有性，故种于果非恒顿生。六引自果，谓于别别色心等果各各引生，方成种子。此遮外道执唯一因生一切果，或遮余部执色心等互为因缘。唯本识中功能差别具斯六义，成种非余。”从上文可以证知，唯识学用种子六义释因缘法，是对种种异执边见的否定，同时是对万法唯识实相中道义的肯定。如种子的刹那灭义，是说常法实体自性不存在，因为一切有为法体都是刹那灭，这是唯识学的法体观。种子的果俱有义，讲的是三法展转，因果同时。所谓三法，就是种子生现行、现行生种子、种子生种子。果俱有义是同时因果观，是对异时因果的否定。种子的恒随转义，是对断灭见的否定，种子自类相生、一类相续，是唯识学的法相观。种子的性决定义，是讲因与果性质一致，是对因与果性相违论的否定，是唯识学的诸法性能决定观。种子的待众缘义，是说诸法因果须待众缘方生，是对自然因论的否定，是唯识学的诸法缘起观。种子的引自果义，讲的是诸法果相无量，其因相亦然，因为各各因法引生自类果法。引自果义否定唯一因论，即一因生多果论，否定色心诸法可以互为因缘，是唯识学的因果观。种子六义缺一不可，具足六义方是唯识学所说的种子。种子只是功能，不是实体，是性空无我的。唯识学中种子的分类颇多，如有漏种子与无漏种子、本有种子与始起种子、善种子与恶种子、业种子与名言种子、色法种子与心法种子等等，恐繁不述。
等无间缘者，《成唯识论》云：“二等无间缘，谓八现识及彼心所前聚于后，自类无间，等而开导，令彼定生，多同类种俱时转故。”等无间缘也称次第缘，是指前念为后念生起的条件，前念灭时，可为后念生起让位开路，所以前念是后念之缘。所谓无间就是中间无障碍。此缘只有心法有，色法则无。《成唯识论》又云：“前因灭位，后果即生，如秤两头，低昂时等。如是因果相续如流，何假去来方成非断？因现有位后果未生，因是谁因？果现有时前因已灭，果是谁果？既无因果，谁离断常？若有因时已有后果，果既本有，何待前因？因义既无，果义宁有？无因无果，岂离断常？……应信大乘缘起正理，谓此正理深妙离言，因果等言皆假施设。观现在法有引后用，假立当果对说现因；观现在法有酬前相，假立曾因对说现果；假谓现识似彼相现。如是因果理趣显然，远离二边契会中道，诸有智者应顺修学。”这是唯识学对三世时间因果观的阐释。等无间