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据古尔德的说法，我们要作这么多试想和假设来理解进化。因为除此以外，想在古代生物及其后代之间，〃发明〃一系列合理——又必须是活生生、有完善机能的中间型生物，太困难了，所以始终我们还需接受〃许许多多间断大突变的例证〃。古尔德说的（他说也是戈尔德施米特说的）突变是指胚胎发育过程中具有调节性的因子。他们想〃在胚胎学上早期的改变，可以在生长过程中累积影响力，在成体中产生更深远的差异〃。这些变异必须如此运作，因为除此以外，古尔德不能想象还有什么方法可以使主要的进化改变实现。
古尔德在《古生物学》（Paleobiology）科学杂志上发表了一篇重要的论文，其中宣言对戈尔德施米特的支持更加明确，并且他还宣布新达尔文主义的合成论简直死了（effective
death of neo…Darwinian
synthesis）！在死了的正统理论之上，古尔德高举一个〃崭新的对生物种形成观念的基础和典范〃。他引用戈尔德施米特所坚持的话：〃新达尔文进化论……是导致生物种范围内多样化的过程。……但进化最重要的关键，迈向大突变的第一步，就是从一个生物种变为另一种，不是单单累积小突变可成功，必须有一个新的进化方法。〃至于复杂器官的进化，古尔德否定信赖〃跳跃性的大突变可以产生新的设计〃。他提议〃最关键性适应的主要特征可能有大突变的渊源〃。换言之，古尔德努力调和达尔文主义和戈尔德施米特学说之间的分别。
这样，〃有希望的怪物〃暂时复苏了，可惜它带来的希望不久又烟消云散了，因为现今最有权威的达尔文主义者迈尔，在其著作中指责古尔德故意忽略戈尔德施米特鼓吹那不可能实现、一代之内迅速完成的全身大突变，使得完全误解戈尔德施米特的学说。迈尔写道，〃其实戈尔德施米特重复强调大突变这重点。例如他赞同并又引用奥托·欣德沃尔夫（Otto
Schindewolf）【注二：欣德沃尔夫是一位著名的古生物学家，我们下章还要提到他。】的建议，居然说第一只鸟是从爬虫的蛋中孵化出来……。〃迈尔本人相信某些较大幅度的突变或许也有可能【注三：大突变的辩论主要集中在动物之中，但是如众所周知，一种特别的大突变、称为多倍体（polyploidy），可以产生新的植物种。这现象是由染色体的数目当细胞分裂时倍增而来，而且只限于雌雄同株、能够自我受精的植物。动物中偶然有这种现象，但其重要性仍限于植物界。无论如何，多倍体不可能解释眼睛、翅膀这些复杂器官的来源。】，但他找不到任何证据支持大突变曾多次显现。其实他认为达尔文主义足以解释一切新的进化，所以根本不需要依靠大突变这种方法。
道金斯在《盲目的钟表匠》一书中指责戈尔德施米特，并且批评古尔德努力为他翻身。道金斯说，〃戈尔德施米特的难题……其实根本不是一个问题〃，因为用渐进方法完全可以解释复杂器官的来源。他如此夸口意思好像说，复杂适应系统，一步一步进化，只不过是理念上的可能性，并没有任何方法可以证明事实上真的发生了。他引用蝙蝠奇妙的声纳（sonar）一样的回声定位（echo
location）系统来比喻现代高科技社会的产品，可以用来作自然选择能够解释复杂系统的发展，否则反成为证明创造者（造 表
者）的证据。道金斯说得很对，如果达尔文进化论可以制造出一只蝙蝠，它当然也可以制造出任何其它生物了。可惜，他忽略了证明进化论的确有这样的创造能力。我们可以想像，蝙幅的声纳可能一步一步地进化来，而且拥有回声定位的能力会有很大的利益等等。但是我们何以知道，这故事是历史上的事实，或者是真有可能会发生的呢？
一般来说，道金斯严守达尔文主义的渐进论，但他也发现有时不得不附和比较温和的大突变论。就是说，〃有些突变虽然有极大的影响力，但本身并不一定很复杂。〃他用蛇为例，有些现代蛇脊椎骨的数目比它们假想的祖先更多。脊骨多少的改变必须是整数。并且〃完成这项工程，不是随便加一块骨头即可〃，因为每块脊骨都必须有一套特别的神经、血管和肌肉的配合。这一整套复杂的组职，必须同时一齐出现，才有任何生物上的意义。但〃我们很容易相信，一条比父母多几块脊椎的蛇，很可能是经一次突变就造成了。〃道金斯说：〃这样的事很容易引人置信。因为这种改变只增加了已有的结构，使成长的蛇看来好像有很大的大突变。但在胚胎里面，这些改变很可能只是微小的突变而已。〃意思是说，当胚胎发育时的号令有轻微的改变，很可能就导致成长的个体上有很大的变化。
古尔德可以随意去假设，而道金斯也可以任意轻信他定意要相信的空言，但无论是假设或相信，都不足为科学的解释。事实上有无任何方法可以证实，控制胚胎发育的基因，经过突变就可以提供进化论所需要的一切支援呢？很多生物成长以后形态各异，但在胚胎时期却比较相似。所以在控制发育程序上有了一些简单、但又是基本的突变，可以导致胚胎转向发展，这样的想法好像有相当大的可能性。原则上这正是我们期待人类遗传工程将来能达到的地步。从这门学问近年的发展来看，不久将来真可能有这样的成就。
试想如果经过大规模的研究工作，科学家果能将鱼类胚胎的遗传程序改变，使鱼类发育为两栖动物，这样遗传工程上假想的凯旋，是否能证明古代两栖动物的确是从鱼类，或者说，可能是从鱼类用同样的方法进化来呢？
不，不可能。因为古尔德等人假设的大突变，指明是偶然、随机遇、无目的突变，不是用人类智慧（或神）精细计划达成的改变，如果在我这文字处理的软件中，胡乱作一个毫无计划的改变，很可能使我写的这篇文章变成毫无意义的胡言，但绝不可能将文章翻译成外文，也不能使这篇文章变成有条有理、描写其它东西的字句。鼓吹发育期大突变的人，必须证明胚胎发育程序不单可以受遗传改变，而且更要证明进化过程中主要的变化都是由无定向、胡乱的突变所造成。
如今凌驾进化科学最基要的大前题，好像是说：只要猜想进化怎样可以成功，不必实验证明就足够了。这些学者最基本的想法就如伟定顿、梅达沃，和迈尔等人受到数学家挑战时求助的原则一样；自然界必定提供了进化所需的一切条件，否则进化不会成为事实。换一句话说，如果进化需要大突变，那大突变一定可能；或者如果大突变是不可能发生的话，那进化论必定不需要它了。进化论本身就可以具备一切必须的证据。
如果达尔文主义者面对这一切的问题而感到有任何不安（其实大多数都不会不安），反对达尔文主义学者的处境也好不了多少。伟大的遗传学家戈尔德施米特也要降低标准去拥护遗传学上明知不可能的学说。伟大的动物学家格拉斯也提不出更好的学说，只能说：〃生物进化时不知怎样就获得了一套崭新的遗传信息，可能由于一些不明的'内在因素'（internal
factors），而这些现象在现有的生物中已不能观察（可能是根本不复存在了，或者因为我们看不见）〃。格拉斯深知这种论调会〃引起很多生物学家的猜疑……因为，它会召回当年生机论（vitalism）的鬼魂，或者其它引导生物命运的神秘力量……。”他多次否认他完全没有生机论这种想法。但疑心既起，即使变魔术也变不掉了。否认又有什么作用呢？
这些例证让我们明了为什么新达尔文主义面临这么多难题，甚至在即将败亡的风雨中，仍站正统地位。如果新达尔文渐进论（gradualism）一旦因不能解释大突变大跃进，和复杂器官的来源而被抛弃，大多数生物学家仍然会信仰进化（戈尔德施米特和格拉斯从来没有怀疑过进化论已成事实），但他们将失掉进化的〃理论〃。唯物主义的科学家蔑视创造论者，因为他们诉诸不可见的创造者，而且创造者超自然的力量是现今世代中观察不到的。如果进化科学也要依赖神秘的力量引导，或遗传学上不可能的转变，像达尔文这样在哲学上持唯物主义立场的人，必定认为是胡说八道。
到此为止，我一直着重讨论流行的新达尔文合成论在理论及实验方面的困难，暂时避免了谈论化石�