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他在北大校长任内，推行了一系列教育体制的改革。1917年10月，他主持召开了北京各高等学校代表会议，讨论修改大学规程。胡适建议改分级制为选科制，此议获通过，决定在北大试行。北大选科制规定每周一课时，学完一年为一个单位，预科应修满40个单位；本科应修满80个单位，修满即可毕业，不拘年限；选修科目可以跨系。这是中国的大学选修课及学分制的由来。蔡元培说：
那时候我又有一个理想，以为文理是不能分科的。例如文科的哲学，必植基于自然科学；而理科学者最后的假定，亦往往牵涉哲学。从前心理学附入哲学，而现在用实验法，应列入理科；教育学与美学，也渐用实验法，有同一趋势。地理学的人文方面，应属文科，而地质地文等方面属理科。历史学自有史以来，属文科，而推原于地质学的冰期与宇宙生成论，则属于理科。所以把北大的三科界限撤去而列为十四系，废学长，设系主任。（蔡元培：《我在北京大学的经历》）
为推行他的：‘沟通文理”主张，蔡元培率先提出了将大学分为本科与专科的创议，他于1917年1月提出大学改制议案：大学专设文、理二科，其法、医、农、工、商五科，别为独立大学（蔡元培：《大学改制之事实及理由》），但在当时未能成功。1918年10月，他再度向专门以上学校校长会议建议：大学本科，“融通文、理两种之界限：习文科各门者，不可不兼习理科中之某种（如习史学者，兼习地质学；习哲学者，兼习生物学之类）；习理科者，不要不兼习文科之某种（如哲学史、文明史之类）。”1919年，北京大学正式实行“废科设系”，改原隶属于科的学门为系，设立十四个系，废学长，设系主任。
蔡元培鉴于北大商科毫无设备，仅有普通商业学教课，于是将商科并入法科。当时北大预科的设置受教会学校影响，偏重英语及体育，其他科学则比较落后。学生毕业后若直升本科，学习上会发生困难。蔡元培在校长任内加以改革，使预科直接受本科学长的管理，不再设预科学长。预科中主要的教课，均由本科教员兼任。
蔡元培身为北大校长，视野却放在高等教育的全局。他说：“我没有本校与他校的界限，常为之通盘打算，求其合理化。”当时北大设文、理、工、法、商五科，北洋大学有工、法两科，北京另有一工业专门学校，三者都是国立院校。蔡元培以为无此重复的必要，主张以北大的工科并入北洋，停办北洋法科，得北洋大学校长同意及教育部核准，北大的工科的土木与矿冶并入了北洋大学，将工科省下来的经费转用在理科上。
蔡元培对北大的一大贡献，是接受胡适的建议，仿效美国大学建制，推行“教授治校”制度。他提出：第一步“组织评议会，给多数教授的代表，议决立法方面的事；恢复学长的权限，给他们分任行政方面的事”；第二步“组织各门教授会，由各教授与所公举的教授会主任分任教务。将来更要组织行政会议，把教务以外的事务，均取合议制。并要按事务性质，组织各种委员会，来研究各种事务”。（蔡元培：《回任北京大学校长在全体学生欢迎会上演说》）
此时，蔡元培邀请他早年的学生、美国教育家杜威的得意弟子蒋梦麟到北大共事。他请蒋通盘计划，设立教务、总务两处及聘任财务等委员会，均以教授为委员。蒋出任总务长，顾孟余任教务长。1930年，三度代理校长的蒋梦麟正式执掌北大，提出“教授治学，学生求学，职员治事，校长治校”的十六字方针，进一步健全了北大的管理制度。
蔡元培的教育理念是民主，他不仅推行教授治校，也主张学生自治，鼓励学生组建自己的社团。他认为组织学生自治会“可以把治者与被治者的分别去掉”，“由学生传之各地方，一定可以提起国民自治的精神”。（蔡元培：《在北京高等师范学校学生自治会演说词》）当时的北大成立了许多学生社团，组织各种社会、文化活动并办刊、出书，都得到蔡元培的支持，其中最著名是傅斯年、罗家伦组织的新潮社，许德珩、易克嶷等组织的国民社，以及由守旧派教员支持的国故社。五四运动就是由前两个学生社团组织发动起来的。
蔡元培素来主张男女平等。1919年10月，胡适发表《大学开女禁的问题》，主张在北大收女生旁听作为正式女生的过渡，呼吁社会改革女子教育，这个主张得到他的赞同。1920年春，北大就招收女生9人人文科旁听，暑假又正式招收女生，开中国大学男女同校之先河。蔡元培曾谈到：“有人问我：‘兼收女生是新法，为什么不先请教育部核准？’我说：‘教育部的大学令，并没有专收男生的规定；从前女生不来要求，所以没有女生；现在女生来要求，而程度又够得上，大学就没有拒绝的理。’这是男女同校的开始，后来各大学都兼收女生了。”（蔡元培：《我在北京大学的经历》）
蔡元培提倡“劳工神圣”，同时为穷人争取平等教育权利。1915年6月，他在法国与李石曾、吴玉章等发起组织华法教育会，提倡勤工俭学，后来成为中共领袖的周恩来、邓小平等人，皆通过该会的渠道赴欧洲学习。1919年3月，他在北京与少年中国学会的王光祈、李大钊等发起工读互助团，并组织募捐，帮助贫苦青年实行半工半读。
为使本科毕业生继续从事较深的专门研究，蔡元培还接受胡适的提议，计划设立自然科学、社会科学、文学、国学四种研究所，并先办起了国学研究所。北大在蔡元培任内以文科见长，但他也十分注重理科的建设，请到了李四光等名师到校执教，以求达到各系平均发展的境界。1930年蒋梦麟继任后，北大理科有了长足的发展。针对守旧派的尊孔以及以孔教为国教的主张，蔡元培提出“以美育代宗教”的创议，在北大先后成立了书法研究会、书画研究会、音乐研究会。
思想自由，兼容并包
蔡元培执掌北大之后，贯彻“思想自由，兼容并包”的办学方针，提倡学术民主。他聘请陈独秀、李大钊、胡适、钱玄同、鲁迅、周作人等“新派”人物来校任教，使之成为新文化运动的中心和各种社会思潮的策源地，中国共产党的三位主要创始人陈独秀、李大钊、张申府都是北大教员。蔡元培在积极提倡新文化的同时，并不排斥旧学，一些站在新文化运动对立面的旧学代表人物，如主张清室复辟的辜鸿铭、鼓吹洪宪帝制的刘师培以及国学家黄侃等，也同时在北大执教。
据北京大学1918年初的统计，全校教员217人中有90位教授，平均年龄仅30余岁。对76人的统计显示：50岁以上6人，35岁以下43人，其中陈独秀39岁，梁漱溟24岁，徐家璜25岁，朱家骅26岁，李大钊、刘文典、胡适28岁，这在当今的大学中是无法想象的。当时北大本科学生平均年龄为24岁，师生年龄段的接近，给校园带来了清新活跃的学风，其中傅斯年、罗家伦、顾颉刚、冯友兰等，后皆成为一代学术宗师。
蔡元培说：
我素信学术上的派别，是相对的，不是绝对的；所以每一种学科的教员，即使主张不同，若都是‘言之成理、持之有故’的，就让他们并存，令学生有自由选择的余地。最明白的，是胡适之君与钱玄同君等绝对的提倡白话文学，而刘申叔、黄李刚诸君仍极端维护文言的文学；那时候就让他们并存。我信为应用起见，白话文必要盛行，我也常常作白话文，也替白话文鼓吹；然而我也声明：作美术文，用白话也好，用文言也好。例如我们写字，为应用起见，自然要写行楷，若如江艮庭君的用篆隶写药方，当然不可；若是为人写斗方或屏联，作装饰品，即写篆隶章草，有何不可？（蔡元培：《我在北京大学的经历》）
他虽然主张“兼容并包”，但仍坚