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（6） 根据检索出的对比文件判断发明专利申请所要求保护的技术方案是否具有新颖性和创造性，判断要求保护的发明是否具有实用性：
（7） 说明书是否已对发明专利申请所要求保护的发明作了清楚、完整的说明，使所属领域的技术人员能够实现；
（8） 权利要求是否清楚和简要地表述了请求保护的范围，权利要求是否以说明书为依据，独立权利要求是否包含了为解决发明所要解决的技术问题的必要技术特征。
上述实质性问题有些在初步审查中已经有所涉及，但初步审查只解决了明显的实质性缺陷，在实质审查中将进一步审查。
第三十六条
发明专利的申请人请求实质审查的时候，应当提交在申请日前与其发明有关的参考资料。
发明专利已经在外国提出过申请的，国务院专利行政部门可以要求申请人在指定期限内提交该国为审查其申请进行检索的资料或者审查结果的资料；无正当理由逾期不提交的，该申请被视为撤回。
本条规定发明专利申请的申请人提交有关资料的义务。
本条第一款规定申请人应当提交在申请日前与其发明有关的参考资料，这些参考资料主要是指发明人在完成发明过程中所参考的与其发明相关的技术资料，包括专利文献、科技书籍、专利技术报刊等。申请人可以选择其中与发明关系最为密切的资料送交国家知识产权局。显然，该规定对审查员迅速理解专利申请的内容，准确有效地对专利申请的新颖性和创造性作出判断大有帮助，同时也符合申请人自身的利益。当然，也不能排除发明人作出某一发明创造时并没有参考任何资料的可能，遇到这种情况，可以而且应当免除申请人这一义务。
本条第二款是指申请人已经在外国就同一发明提出过专利申请的，国家知识产权局可以要求其提交有关外国对该申请进行检索的资料或者审查结果的资料。检索的资料是指有关国家的专利局和地区的专利局（例如欧洲专利局）对该申请进行检索所作出的检索报告，以及PCT条约国际局公布的对国际申请作出的国际检索报告。审查结果的资料是指有关国家和地区的专利局对该申请所作的结论性意见，比如外国专利局作出的审查通知书、授予专利权的决定、驳回该专利申请的决定等。
在第二次专利法修改之前，本条第二款规定：“发明专利已经在外国提出过申请的，申请人请求实质审查时，应当提交该国为审查其申请进行检索的资料或者审查结果的资料；无正当理由不提交的，该申请即被视为撤回。”这一规定对于申请人而言是比较严格的。1984年制订专利法时之所以作出这样的规定，是考虑到当时专利局的馆藏专利文献不足，专利局的检索手段还比较落后，审查员还缺乏审查经验。为了保证审查工作的顺利和迅速开展，作出这一规定是必要的，而且最终也是有利于申请人的。但是，经过十几年的发展，我国专利事业的各个方面都取得了长足的进步，审查员已经积累了较为丰富的审查经验，审查水平不断提高；专利文献从数量到质量都大为改善，具备了PCT条约所要求的最低文献量；计算机检索系统逐步建立和完善起来，大大提高了审查员检索对比文件的能力和速度；国家知识产权局已经成为PCT条约的国际检索单位和初步审查单位，已经具备了对国际申请进行检索和初步审查的能力。另一方面，越来越多的外国申请通过PCT条约的途径进入我国，而进入国家阶段的国际申请都包括国际检索报告，大多数附有国际初步审查报告。这些因素使得本条原第二款的严格规定失去了存在的必要。当然也不排除在个别情况下仍然需要申请人配合审查工作，在这些情况下如果申请人提交有关资料，将有助于实质审查工作的尽快完成。为此，应当允许国家知识产权局在认为必要的时候要求申请人提交有关检索和审查的资料。所以，在专利法第二次修改时，该规定改为：“国务院专利行政部门可以要求申请人在指定期限内提交该国为审查其申请进行检索的资料或者审查结果的资料；无正当理由逾期不提交的，该申请即被视为撤回。”
需要说明的是：
（1） 虽然上述检索资料和审查结果的资料对我国国家知识产权局判断该申请是否具有新颖性和创造性极有价值，但由于专利制度具有地域性的特点，各国授予的专利互相独立，而且各国专利法的规定也不尽相同，所以一件专利申请是否具有新颖性和创造性，仍应由我国国家知识产权局在进行全面检索、审查的基础上独立作出判断，外国的检索、审查材料对我国国家知识产权局仅仅起到参考的作用；
（2） 本条第二款所述 “发明专利已经在外国提出过申请的”，并不限于请求人要求享有该外国申请的优先权的情况，而应理解为凡是已经在外国提出过专利申请的申请人，在国家知识产权局要求提交有关检索的资料或者审查结果的资料时，都有及时提交所需资料的义务；
（3） 本条第二款规定了无正当理由逾期不履行上述义务的，其专利申请将被视为撤回。该规定应理解为仅适用本条第二款而不适用第一款。其中所述的正当理由主要是指在国家知识产权局指定的期限内，有关国家的专利局还未对该申请作出检索报告或者其他结论性意见，因而申请人无法按照要求提交有关资料。在这种情况下，申请人应向国家知识产权局说明情况，并在得到该资料后迅速补交。
第三十七条
国务院专利行政部门对发明专利申请进行实质审查后，认为不符合本法规定的，应当通知申请人，要求其在指定的期限内陈述意见，或者对其申请进行修改；无正当理由逾期不答复的，该申请即被视为撤回。
本条规定实质审查后对不符合规定的发明专利申请进行处理的方式。
在实质审查的过程中，如果国家知识产权局认为一项发明专利申请不符合专利法和专利法实施细则的有关规定，不能在现有申请文本的基础上授予专利权，必须给申请人一个进行修改、陈述意见的机会。通常，国家知识产权局以审查意见通知书的形式，将审查的意见和初步结论通知申请人。审查意见通知书要指定—个答复期限，申请人逾期不答复的，其专利申请便被视为撤回。关于期限的指定，在专利法、实施细则或者审查指南中有明确规定的情况下，按照规定予以指定；在没有明确规定的情况下，由审查员考虑具体情况及各种因素后予以指定。
根据发明专利申请的不同，审查实践中有可能出现下列几种情况：
（1） 申请具有被授予专利权的前景，但还存在某些缺陷，需要修改完善。这种情况下，国家知识产权局的审查意见通知书会尽量指出申请中存在的所有问题，在某些情况下还会提出具体的修改建议，以加快审查程序；
（2） 申请中记载的发明具有授予专利权的可能，但申请文件还存在比较严重的缺陷，需要作实质性的修改，例如对权利要求书的内容作较大的调整。此时，国家知识产权局的审查意见通知书也会明确指出存在的缺陷及其理由，提出修改的要求；
（3） 申请没有授予专利权的可能，应当予以驳回。此时，国家知识产权局的审查意见通知书会指出为什么不具备授权可能性的理由，给申请人一次陈述其意见的机会，但一般不会要求申请人对其申请文件进行修改；
（4） 经过检索后发现申请缺乏单一性，或者经过检索后发现独立权利要求不具备专利性，从而导致申请缺乏单一性的，国家知识产权局的审查意见通知书会要求申请人对申请作出限制性修改，使之符合单一性要求；
申请人接到国家知识产权局的审查意见通知书后，可以有以下几种选择：
（1） 申请人同意国家知识产权局的审查意见，按照审查意见通知书的要求对其申请文件进行修改，使之符合专利法和实施细则的规定。此后，国家知识产权局一般便可批准修改后的申请；
（2） 申请人对国家知识产权局指出的缺陷表示同意，也同意进行修改，但不采纳或不完全采纳国家知识产权局的修改建议，而是根据自己的意愿进行修改。如果国家知识产权局同意申请人的修改，可以批准修改后的申请；如果不同意，可以再次发出审查意见通知书，要求申请人再次修改其申请。这一过程原则上可以进行多次。直到国家知识产权局接受申请人的修改或者驳回该申请为止；
（3） 申请人不同意国家知识产权局提出的�