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玩弄于股掌中而不自知，而这一群人中包括了诺贝尔奖得主、李登辉爱将、胡涂台湾人心目中的救世主李远哲。
李远哲当时正以中央研究院院长的身分，赴美国举行旅居美国院士的分区座谈会，局势最紧张的时刻，李远哲按捺不住了，打电话向李登辉报告，声称以他的名气及关系，如派他到大陆为两岸和平尽一分心力，一定可以缓和两岸紧张关系。不料李登辉当场否决，并斥责李远哲，说你不懂的事少管。事后，双李关系急转直下，李远哲多次在公开场合对总统府不支持中央研究院的发展表示不满，尤其对于总统府搁置中央研究院组织法修正草案更多微词。
四年后，李远哲在总统大选最后关头表态挺扁，发挥了临门一脚的关键性力量，不但帮助陈水扁取得政权，还一度打算辞中央研究院院长，彻底投身政治，出任行政院长。从李远哲于总统大选前五天，给中央研究院同仁的一封信上，我们清楚的看到李远哲当时的想法：
本院各位同仁：在今（3/13）晚，我将召开记者招待会，向社会各界进一步说明我个人对当前台湾政治社会改革情势的看法和基于这些体认而做的两点决定。我了解到本院同仁对我日前公开所做的言论有不同的见解和响应，因此我认为有必要在我出席此项对外的记者会之同时，也将我要宣布的声明，透过网络与各位同仁分享。
为实现我们共同的梦想努力
李远哲
自从三月五日我发表了「跨越断层——掌握台湾未来关键五年」的文章后，我接到了来自社会不同阶层、不同党派和不同族群的回响；民进党的总统候选人陈水扁先生，也以「全民政府、清流共治」响应，让我感觉有一股爱护台湾拉拔台湾「向上提升」的力量，正快速地在全台湾集结。对于如何阻止我们的社会沉沦、提升我们的民主品质与建立我们的国家新蓝图，大家都有着热烈的讨论和期待，这很令我感动。
很多人和我都深切体会到，台湾已经走到了另一个历史的十字路口上。我们不是前进，就会后退；想要一直停留在原点几乎是不可能的。两岸关系的处理是如此，内政的改革更是如此。我知道社会所加诸于我的殷切期待，也了解做为一个知识分子应该在这关键的时刻，做出抉择。即使个人的力量相当有限，我仍期盼藉由一己的投入来带动更多「向上提升」力量的浮现和整合。无论个人喜欢与否，愿意与否，我知道自己在这个稍纵即逝的改革契机中应该扮演的角色，那就是在关键的时间，讲出真心的话，做出正确的决定。
今天，我决定接受陈水扁先生的邀请，和其它愿意共同协助他当选后治国的「国政顾问团」成员的要求，出任此一「国政顾问团」的首席顾问。这是我承诺为台湾「跨越断层」，创造前途和愿景打拚的重要一步。在踏出这一步的时候，我要特别感谢李登辉总统曾经给我珍贵和难得的机会，让我为提升台湾的学术做出个人毫不保留的贡献和服务。过去这六年来，我很欣慰中央研究院的研究水准，已更加精进；而且我确信，今后也一定还会更进步。不过，为了在个人学术研究之外，投入更多的社会改造工作，并且，不要为中央研究院同仁带来任何不方便，我决定辞去中央研究院院长的职位。
正因为许多人同意我「跨越断层——掌握台湾未来关键五年」的观点，让我觉得是时候了，我应当更进一步走入民间、走进社会，为台湾的永续发展与美好的未来，更加用心和努力。
而最迫切的是，希望能够为缓和两岸关系的紧张和营造内政改革的理性环境，创造更好的条件，使台湾能够成为一个真正有尊严和幸福的社会。
这是我一生很重大的决定。我愿意把我的心力贡献给台湾这块土地，与大家一起为实现台湾人的梦想而努力。89年3月13日
李远哲口口声声「为了在个人学术研究之外，投入更多的社会改造工作，并且，不要为中央研究院同仁带来任何不方便，我决定辞去中央研究院院长的职位」，并且说「这是我一生很重大的决定」，但是，只不过十七天后，李远哲竟暗中改变了他自称的「我一生很重大的决定」，决定背信留任，并且又写了一封信给中央研究院的员工：
本院各位同仁：大家好！
三月上旬，远哲基于长期的观察与思考，认为此次大选影响台湾未来走向至鉅，台湾社会正面临向上提升或往下沉沦的转折点，因此毅然呼吁大家正视这个严肃的问题，继而诚恳的表明了个人的政治立场。此举虽出于身为知识分子关切台湾前途所做之整体思考，仍不免引起社会各界对远哲个人之议论，远哲为免影响本院之正常运作，或造成各位同仁之不便，遂于三月十三日宣布辞去院长职务。
辞呈于次日递达总统府，然未获总统同意，本院同仁亦多方挽劝，咸以继续为本院效命之责相期许，盛情可感。投票之后的结果，出现了有史以来的第一次政党轮替，时代意义非比寻常，以是外界多所期盼，总统当选人陈水扁先生更是力邀远哲出面组阁。远哲几经思虑，自忖报国与改革社会必须量才适所，担任阁揆或非唯一最佳途径，是以决定仍留身学术界，继续以学术中人和知识分子的身分从事知识报国和社会改革的工作。旬日以来，远哲深切感受到本院同仁之谅解与支持，今日请假届期，国政顾问团为新政府举才之初步任务亦已达成，明日起当销假上班，在此诚恳地感谢各位同仁在远哲请假期间的关心。
台湾的改革正待扬帆，本院的研究品质亦需不断提升，让我们一起继续努力。端此 敬颂研祺李远哲 八十九年三月二十九日
七天以后，四月五日，李远哲在与中央研究院同仁的一次座谈会上再次表示如下：
自从三月五日我在国际会议厅发表「跨越断层——掌握台湾未来关键五年」演讲后，这一个月来的日子好象是在作梦，为了不给院内同仁带来困扰，我做出辞去中研院院长职位的决定，做此决定后，最高兴的是我太太。在我表达辞职的意愿后，有些所长跟我说，如果我丢下中研院不管，是不负责的，等于是助长向下沉沦的力量，但是我告诉他们，没有人是不可被取代的，院长的职务可让更年轻、更有活力的人接任，不应该会有沉沦的影响。同仁在那段时间中对我的安慰、支持、劝进，我在此一并表示感谢。现在那些风风雨雨已过去，我也决定继续留在中研院跟大家一起努力，回到中研院这个我熟悉的地方感觉真好。
看了上面李远哲的信和谈话，问题来了。李远哲所谓「同仁在那段时间中对我的安慰、支持、劝进」，这段话太离奇了，究何所指？据我获得的资料，陈水扁当选后，力邀李远哲担任阁揆，李远哲再三欲迎还拒的表示自己并不是最适当的人选，一直未表态接受或不接受，但由于他当时已公开宣布辞去中央研究院院长职务，事实上已为接任阁揆预留了伏笔。真正的转折点是选后李远哲赴美访问，「美国爸爸」方面认为由亲陈水扁的李远哲出任行政院长，势必加深中共的不安，不利台海局势的发展，遂钦点具军人背景的外省人唐飞出任。如此一来，李远哲岂不两头落空？李远哲是利欲熏心的人，岂能两头落空？于是，扭扭捏捏，借着「同仁在那段时间中对我的安慰、支持、劝进」、「担任阁揆或非唯一最佳途径，是以决定仍留身学术界，继续以学术中人和知识分子的身分从事知识报国和社会改革的工作」、「明日起当销假上班」等厚脸皮理由，厚脸皮的又回到原位。
李远哲无耻倒也罢了，最可悲的是中央研究院所谓的「高级知识分子」，在关键时刻发挥「安慰、支持、劝进」的力量，让李远哲顺理成章的吃回头草，不但有公开的全院性的签名慰留活动，甚至还有让人倒尽胃口的「全院一级主管与院长座谈会」，让这些「国士」，公开表演不要脸。据我所知，「全院一级主管与院长座谈会」中难过、痛心、不舍、落泪者比比皆是，倒是分子生物研究所所长沈哲鲲，公开指责李远哲违背对他的承诺，让他就是冲着李远哲才肯牺牲美国高薪回国奋斗的理想完全破碎。当然这也可能是激将法，目的是让李远哲更有台阶下，但确实显示这一群书呆子事实上是被李远哲耍了，就如同李远哲四年前被李登辉耍了一样。
李远哲最无耻的一点是，他在三月二十九日的信上明明�