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一九九四年一月，李远哲顶着诺贝尔化学奖得主的光环，出任中央研究院院长，莫名其妙的让很多台湾人感到兴奋不已，就好象中华少棒队在美国威廉波特拿到「世界冠军」一样。其实，中华少棒队拿的根本不是什么世界冠军；李远哲拿诺贝尔化学奖和台湾也没有关系。因为李远哲是以美国人身分拿到这个奖的，按照李远哲入美国国籍的誓词，一旦美国跟外国（包括中国台湾）作战，他还得帮美国打中国台湾呢。
李远哲回来了，很多人忘了原来在中央研究院担任院长的那位银发老人吴大猷，似乎没人注意到在新旧任院长交接典礼上那位九十岁老人的落寞神情；一如没人注意到这位老人其实是被「赶」下台的。
吴大猷其实是被「赶」下台的。
吴大猷不见容于李登辉，是难以否认的事实，但吴大猷下台的导火线，却是他的爱徒李政道。李政道当时替美国政府游说台湾参加「SSC高能物理对撞机」实验计画，吴大猷是物理学家，对SSC计画很有兴趣，表现得非常积极。但这计画牵涉到庞大的预算，对物理研究的圈圈来说，参加SSC，就等于封杀其它大型计画获得补助的机会，终于引发了台湾需不需要SSC的论战。当时吴大猷、李政道、李崇道（李政道的弟弟，当时是中央研究院副院长），为首主张加入的一方，显然输给了丁肇中、杨振宁、郑洪反对加入的一方。这件事结果导致李崇道黯然下台，不久后吴大猷也被逼退。当吴大猷被告知「八十三年一月下台」时，曾向李登辉请求延至八十三年七月开完院士会议再走，但不为李登辉接受，而且还说，让你做到七月，那李远哲回来去哪里？
吴大猷辞职，总办事处处长邬宏潘随即同进退，比起日后的历任处长来，邬宏潘显然有先见之明，因此少受了些屈辱。接着秘书组主任戴政也跟进，李远哲因为一时缺人手，曾几次请戴政留任，但均被戴政以「你不尊重读书人」为由，岸然拒绝。
此后的处长、主任，好象出将入相的走马灯一般，来来去去，反正研究人员有兴趣的都有机会来此一试身手。当然有些研究人员来去得干干脆脆，有的却拖泥带水，这样刚好也顺便检验一下这些高级知识分子的风骨。
李远哲主政六年的中央研究院，是不是脱胎换骨了呢？整个台湾社会对李远哲评价如此之高，中央研究院内部人员认同吗？我从几件事来分析：
一、李远哲来了以后，新成立了四个研究所，有社会学研究所、语言学研究所筹备处、生物农业研究所筹备处、应用科学工程研究所筹备处，占全中央研究院二十六个研究所的六分之一，版图扩展迅速。与吴大猷时代不断宣示「中央研究院不是百货公司，不能要什么有什么；中央研究院坚守基础科学研究路线」比较起来，显然李远哲不但想开百货公司，还想开一家时髦的百货公司，而且逮着机会想在汐止、桃园八德、南投埔里开三家分店。尤其「应用科学工程研究所」，光看名称，就知道中央研究院已从「学术研究」走向「科技研究」了。我的老同学李远哲虽然在他自己小范围的学术研究领域上有他的成就，但一跨足行政事务，他的低能，马上就窘态毕露了。
二、李远哲一到中央研究院就开始搞的「学科整合」、「单一学科设所」，但最近已不再提到。当时张光直副院长很辛苦的努力去完成这项任务，但我看到的所谓成果，不外乎多了两个所和两位所长而已，并未看到什么「整合」。如果检视一下，打着「整合」旗号设立的「社会学研究所」，当初获准设所的条件之一是：「把研究社会学的研究人员集中于社会所」，目前该所已从筹备处正式设所了，但社会学的研究人员集中到该所去了吗？甚至其它人文科学的所，仍不断进用社会学学者，更增加了「整合」的难度。所以「整合」了半天，最后只是落花片片耳。
三、人文学科的「整合」，包含了分与合，所以有社会所的合，也有语言所的分。但现在看起来，似乎分与合都是分，没有看到合。当初所有社会学学者集中于社会所时，为了民族学研究所、中山人文社会科学研究所、经济学研究所，是不是仍有存在价值而引发的争论，最后，并不因为获得什么结论而平息，而是因为问题复杂到没人敢继续讨论而平息。但现在又要成立「法律研究所」、「政治研究所」了，难免重蹈成立「社会所」的覆辙。这两个设所的案子，政治味十足，对李远哲是一大考验，但前途可想而知。
四、吴大猷时代，中央研究院首创「特聘研究员」这个职位，一九九四年时，中央研究院有郑天佐（物理所所长）、刘玲根（地球所）、林圣贤（原分所所长）、李远哲（原分所）、吴成文（生医所所长）五位特聘研究员。现在，中央研究院的特聘研究员增加了陈长谦（副院长）、李德财（信息所所长）、鲁国镛（天文所主任）、杨祥发（植物所）、王光灿（生化所）、刘德勇（生化所）、伍焜玉（生医所所长）、沈哲鲲（分生所所长）、郭宗德（分生所）、杨宁荪（生农所主任）、蔡振水（科工所主任）等十二位特聘研究员，李远哲上台后又变为十五位（见附表）。中央研究院于一九九四年一月一日起聘李远哲为特聘研究员，李远哲同时又接任中央研究院院长，两者之间有无什么关系呢？有关系，并且有很大的关系。吴大猷领的是「部长级」薪水，二十万左右，用这个价码是请不动李远哲的，必须想一些其它的办法。特聘研究员的薪水和研究员一样，但多了研究奖励费，而这一研究奖励费最高可拿到三十五万，由于特聘加特任的双重高薪，李远哲愿意回来了。可是，李远哲愿意，人事行政局却不愿意，人事局认为中央研究院院长是特任官，天下哪有兼任的特任官？领特聘研究员薪水加院长主管特支费，太不伦不类了，不能同意！最后，还是有高人聪明，发明了一个新名词「补足差额」，解决了问题。什么是「补足差额」？就是李远哲特聘研究员待遇与部长级特任待遇的「差额」要补足，就是李远哲领的薪水是「部长级」待遇外加「差额」。李远哲领的到底多不多，也许因人难有定论，但用这种方式领，似乎未免太玩花样、未免太不光明磊落吧？（见「李远哲自肥图表」）
（附表）
李远哲自肥图表
五、中央研究院的一位员工去年曾电传一份资料给我，提到「研究院浪费许多小民的税金」，并具体指出：「前总务主任杨重信不知道浪费多少公帑。活动中心前广场挖了又填做了四次，花了几千万。行政大楼旁空地也是挖了又填三次，花了五百万。新大门及统计所前马路铺设大地砖，也是铺好又挖挖好又铺，花了几千万。七月大热天种植大门旁行道树，我不是老圃，也知道活不了，春天只好重新换过，又多花了几百万。有人跟杨主任建议，行车的路不能铺设大地砖，杨主任说你放心，铺好后可以走坦克车。结果地砖经常被压碎，终身需要维修费。杨主任最后只好下令说大车和重车只能走小后门。杨主任最近开主管会报说，现在台北市长换马英九，完全不会支持本院，协调之路也中断，只有陈水扁市长在时本院才会得到帮助。讲什么神经话。再来，中研院邮局前马路拓宽，本属市府工务局铺人行地砖及美化道路，结果杨主任花了四百多万种植大龙柏、铺地砖，不多久市府工务局来重换地砖，重新美化，近二十棵大龙柏被打断挖走，植物研究所几位研究员都掉眼泪，看着一层楼高的龙柏被打断，要多少年才能长那么高。杨主任流行一句话，你不做实验试试怎么知道不行。
其实行政事务已经行之千百年，只要参考一下现成的就行了 ，何需你五、六十岁的老人家浪费那么多小民的钱来做一些行政实验。难道行政工作和研究基因工作一样吗？杨主任您不懂的事，怎么敢接手去做，浪费那么多钱换得满头包回经济所。专心研究您的经济学去得诺贝尔为国争光吧。」有人说浪费公帑比贪污还可怕，的确不假，想想，一个公务员如果A了几千万，那还了得；但像李远哲领导下中央研究院这样一浪费就几千万，除了靠我李敖揭发之外，小老百姓又能如何？
六、中央研究院的同仁虽大胆的向我检举，但毕竟还护着李远哲，认为是总务主任杨重信的错。但令人不解的是：难道中央研究院三百万、五百万