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1998年8月，英国教授普兹泰发现，老鼠食用了转基因土豆之后免疫系统遭到破坏；美国也有一些害虫的天敌因转基因植物致死的报导；2005年5月22日，英国《独立报》又披露了知名生物技术公司“孟山都”的一份报告，以转基因食品喂养的老鼠出现器官变异和血液成份改变的现象。这些消息在带给全世界震惊的同时，也使更多的人怀疑食用转基因原料制成食品的安全性。
转基因稻米会带来诸多生态环境和食品安全方面的风险。在食品安全方面，由于稻米在大多数情况下是直接食用的主粮，因此其安全性尤为关键。然而该非法转基因稻米的安全性被未经过长期评估，食用它是否安全仍存在很大疑问。在生态环境方面，由于转基因稻米在种植过程中可能发生转基因逃逸，通过花粉和种子，转基因会转移到相邻的同类型非转基因品种中。在中稻区试时，参加实验的65种水稻密密麻麻地种在一起，相互之间间隔只有大约30厘米，极容易发生转基因逃逸，造成大范围内的基因污染。
卫生危害
（1），未进行较长时间的安全性试验：基因化食品改变了我们所食用食品的自然属性，它所使用的生物物质不是人类食品安全提供的部份，未进行长时间的安全试验，没有人知道这类食品是安全的。
（2），产生毒素：基因化食品能产生不可预见的生物突变，会在食品中产生较高水平和新的毒素。Losey；J。E。等（1999）报导，在一种植物马利筋叶片上撒有转基因Bt玉米花粉后，普累克西普斑蝶食用叶片就少，长得慢，4天的幼虫的死亡率44％。而对照组（饲喂不撒Bt玉米花粉的叶片）无一死亡。转基因作物产生的杀虫毒素可由根部渗入周围，但尚不清楚会产生何种影响。
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（3），过敏或变态反应：基因技术会在食品中产生不能预见的和未知的变态反应原。据报告，对巴西坚果产生过敏的主体也会对用该坚果基因工程化而得到的大豆产生过敏。科学家把巴西胡桃的特性移植到黄豆上去，结果却使一些对胡桃过敏的人在摄取黄豆时有过敏的可能。植物凝血素（Lectin）对有些害虫来说是有毒的，转基因食品不得含有此类有毒物质。
（4），减少食品的营养价值或降解食品中重要的成份：基因化的目的是去除或灭活人们认为不需要的物质，这些物质可能是未知的，但它是基本的。比如它有自然的抑制癌症的能力（Pariza；M。W。，1990）。美国的研究资料表明，在具有抗除草剂基因的大豆中，异黄酮类激素等防癌的成份减少了。基因化食品的虚假新鲜感迷惑消费者。具有芳香、有光泽的红色蕃茄能贮藏几周，但营养价值较低。消费者在购买水果或蔬菜时，仅依靠外观和质地，因此，不能准确判定该产品的真实质量。营养物质在环境中自然循环受到转基因微生物的干扰。
（5），产生抗菌素耐药性细菌：基因技术采用耐抗菌素（如抗卡那霉素、氨苄青霉素、新霉素、链霉素等）基因来标识转基因化的农作物，这就意味着农作物带有耐抗菌素的基因。这些基因通过细菌而影响我们。英国的研究显示，转基因作物中的突变基因可能会进入到生物有机体，突变的基因如跨越种群和转移至细菌，其结果可能会导致新的疾病。虽然这种机会可能性很小，但如出现无法治疗的并广泛传播的对生命造成严重威胁的疾病时，其后果不堪设想。荷兰科学家发表在《新科学家》杂志的试验结果称，设计一人造胃，对人消化转基因食物的过程进行模拟，发现DNA滞留在肠内，同时一些转基因细菌能够把自己的抗生素抗性基因转移给人造胃的细菌。如果类似结果发生在人和动物体内，就可能培养出功效最强的、抗菌素也无法杀死的超级细菌。英国新食品和工艺顾问委员会就禁止一种用抗氨苄青霉素基因作标识的转基因改良玉米趋势饲喂牛，因其中含有的DNA仍保持原样，并有可能加速对抗菌素的抗药性。
（6），产生的问题不能进行追踪：若不进行标识，我们的公共卫生当局就无力因出现问题发现其来源，潜在性的危害值得怀疑。
（7），副作用能杀害人体：Mayeno；A。N。等（1994）报告，发生一种新的，不明原因的病症，主要表现为嗜酸性肌痛。临床表现有麻痹、神经问题、痛性肿胀、皮肤发痒、心脏出现问题，记忆缺乏、头痛、光敏、消瘦（Brenneman；D。E。等，1993；Love；L。A。等，1993）。后查明系日本一公司生的基因化工程细菌产生的色氨酸所致。食用者在3个月后发病，导致37人死亡，1500人体部份麻痹，5000多人发生偶尔性无力。据测定，含量为0。1％便可杀死人体。
转基因植物对农田生态系统Agro…ecosystem的影响：
增加杀虫剂的使用抗性的选择和转运到可兼容的其它植物中
产生新的农田杂草基因流和杂交
转基因植物自身变为杂草插入性状的竞争
产生新的病毒不同病毒基因组和转基因作物的病毒外壳蛋白的重组
产生新的作物害虫
病原体…植物相互作用
食草动物…植物相互作用
对非目标生物的伤害食草动物的误食
根据2002年3月20日起开始实施的农业部《农业转基因生物标识管理办法》的规定，第一批实施标识管理的农业转基因生物为：
（一）大豆种子、大豆、大豆粉、大豆油、豆粕
（二）玉米种子、玉米、玉米油、玉米粉
（三）油菜种子，油菜籽，油菜籽油，油菜籽粕
（四）棉花种子
（五）西红柿种子，鲜西红柿，西红柿酱
这些产品都是初级加工品，而饼干等产品中常用的大豆磷脂等深度加工原料目前还不在需要标识之列。因此，许多市面上的消费者接触到的深度加工食品，比如方便面，饼干，膨化食品等，如果使用了转基因原料并不需要标识。
已经发现一种基因工程大豆会引起严重的过敏反应；用基因工程细菌生产的食品添加剂色氨酸曾导致37人死亡和1500多人残废。最近发现，在美国许多超级市场中的牛奶中含有在牧场中施用过的基因工程的牛生长激素。一著名的基因工程公司生产的西红柿耐储藏、便于运输，但它们含有对抗抗生素的抗药基因，这些基因可以存留在人体内。人造的特性和不可避免的不完美会一代一代的流传下去，影响其它有关及无关的生物；它们将永远无法被收回或控制；后果是目前无法估计的。
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转基因食品对动物身体器官的损害，已经被英国知名生物技术公司的一份秘密研究报告证实。转基因食品的安全性普遍存在以下几方面的怀疑：1、产生毒素或增加食品毒素含量。一些研究学者认为，转基因食品可能增加微量毒素的含量，严重的会导致某些遗传类疾病。2、营养成分减少。英国伦理和毒性中心的试验报告说，转基因食品中对人体有益的成份减少了12％至14％。3、引起人体过敏反应，造成不可预知的后果。而天然食品却不存在以上的缺点，对人体是相对安全的。
我国食品安全专家叶永茂对此也提出了自己的观点：“转基因食品在理论上至少存在5大潜在危险：产生毒素，引起人类致癌致畸或基因突变，导致人体产生过敏反应，引起食物营养结构失衡，使人体产生抗药性，使自然和生态环境失衡，现在欧洲许多国家因此抵制转基因食品上市。”
2、转基因是饥饿问题救星的美丽误会
推动转基因食物的跨国公司声称，转基因可以解决饥饿问题。然而，经过仔细分析，人们会发现转基因只会令世界饥饿问题更加恶化。
全球有八亿人长期食不果腹。在饥饿致死的人中，只有一成死于天灾或战乱造成的饥荒，其余绝大部分都是因为赤贫，无法取得足够粮食和营养，长期饥饿致死的。
联合国粮食及农业组织（粮农组织，1999）指出，现时世界粮食产量足以喂饱所有人。联合国开发计划署（1998）也指出，全球最富裕的两成人，消耗了近一半的肉类和鱼类，最穷的两成人却只食用了百分之三。
不少食不果腹的人，都住在盛产粮食的国家。印度是全球数一数二的饥饿国度，在九亿人口中，超过两亿人长期处于饥荒状态。与此同时，印度农业出口占国民生产总值三成，一九九九年，印度小麦及稻米储备达至四千万四百吨，比标准超出了二千万吨，然而，粮食依旧囤积，穷人�