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部经说根本识，小乘诸宗许为意识，唯识说是阿赖耶识。
次云＇若执前说增益自性差别＇等，是略显示妄执是有自相，即所知障彼所执空，即是究竟清净所缘。次问＇由此诸理云何悟入唯识义耶，至，略示观察之门。＇是为广释。谓若破诸法从色乃至一切种智名言处所分别所依非有自相。即能通从从色乃至一切种智一切诸法全无外境唯有心性。以若能破色等诸法，是有自相为缘色分别及增益自性差别名言所依。则知分别见彼色等为增益自性差别名言所依者，非由色等本性，如是而见彼相，是由内识名言习气增上力故，见为增益自性差别名言所依，外色等相。唯由分别于彼迷乱著为实有。故能悟入能所取空真唯识义。为欲将彼二种义（遍计执空与无外境空）与摄大乘论，说由四寻思四如实遍智悟入唯识义合并解说，故引摄大乘论［以诸菩萨］等为据。
今略释文，谓加行道菩萨，由四寻思门，悟入四如实遍智为体现证唯识性之见道，初由名寻思门悟入唯识者，谓于似文大腹之瓶名意言，及于似义大腹意言分别，推求大腹之文名曰瓶，唯是于大腹事上假立客名，便能了知唯以意言分别而为体性。是由大腹之名寻思门悟入亲证名之如实遍智。第二由义寻思门悟入唯识者，谓推求依此瓶之名文假立彼名所诠大腹之义，便能证知亦为意言而为体性。是由义寻思门，悟入亲证义之如实遍智。
第三由自性假立寻思门，悟入唯识者，谓推求大腹事上假立瓶名之自性，便能证知唯是假立自性谓此是瓶，假立差别谓是瓶生。由是因缘名义自性唯以意言而为体性。是由自性假立寻思门，悟入亲证自性假立之如实遍智。
第四由差别假立寻思门，悟入唯识者，谓推求由依大腹与瓶名义关系，名曰瓶生。是由差别假立寻思门，悟入亲证差别假立之如实遍智。
次云＇若谓此是观待分别意识，至，亦得善成。＇此明以上诸理，亦破根识所见异体能取所取。次又云，［若尔正理破除内识］等，是释外难。依次略释，谓他难云，由四寻思四如实智悟入唯识者，是就分别意识破除异体能取所取。非就坚固习气所生根识破除异体能取所取，而云悟入全无外境唯有内识，云何应理。
答无彼过，谓由通达色缘色分别之所依非有自相。依此为依，便能通达色离缘色根识无有别体唯识性故。由达色为缘色分别所依，非由色法体性而有。以此为依，便能通达见色为名言依处之缘色根识，于境迷乱。若缘色根识如所见色而非实有，则知彼色离缘色根识无异体故。他复难云，若达内识非由自相为分别之所依，以此为依，亦应通达彼自证分于境迷乱。以自证分见自内识是由自相为分别之所依故，若许尔者，则彼内识应非由自相为明了领纳之体性，以自证分于境迷乱故。因亦成立，以许缘色根识见色为分别所依是有自相，自证于彼理相同故。
＇答无彼过＇等，是显无彼所出之过。谓虽缘色根识见色为分别所依是有自相。然领纳内识之自证分，则不见内识为分别之所依。以缘色根识见色之时，要有二相乃能见色。领纳内识之自证分见内识时，要无二相乃领纳识故。此因决定，以于内心见为分别所依时，要有二相乃能见故。以分别心见色为分别之所依时，定须显现有二相故。其自证分见识之理则不同彼，以唯见内识为领纳相故。
他又难云，其自证分见内识相，次于分别显现之相，与内识见色为分别所依，次于分别显现之相，二应相等以于分别心前，定有二相故。
答，于分别心虽有二相，然自证分见内识相，则于分别非须定现自有二相。以分别心见有二相，与见彼境自有二相，于一切种义不同故。若不尔者，应许分别全不能见离二相法。然不可许尔。若许尔者，则应全无离二相之法故。
＇若谓青是分别所依＇等，谓他难云，青是缘青分别之所依者，于缘青根识显现不应道理。以青是缘青分别之所依，唯是分别之所安立，唯由分别所安立者于离分别不应现故。破云，若尔根识亦应不现幻象马相，唯是分别所安立故。
是故经说，增益自性差别遍计执空即圆成实。其中亦破异体二取明唯识义。
＇遍计执中一切共相＇等，谓一切共相及虚空等总有多种遍计所执，解深密经此品之中，唯说增益自性差别，不说一切遍计执者，以此品中为欲安立依他起上遍计执空即圆成实，彼等一切非所须故。又遍计执中，如声常空蕴无我等亦有众多非唯假名能安立者，此义如前己说。
＇观外破除＇等，谓唯识宗观待外境破除异体二取之理，有多异门，摄大乘论说如梦如影像等理。法称论师说破二取相相似而生之理。陈那菩萨说破和合及散微尘为所缘境之理等。余文易解不释。
己二，断诤。分二，庚初，断违解深密经诤。庚二，断违除害论诤。今初
＇解深密经说，至，亦即此意 ＇
谓他难云，解深密经说，于依他起执为遍计所执自性，以此法我执为本生余烦恼，由彼增上而造诸业流转诸趣。及由通达遍计所执相无自性为所依止，生死还灭。又说声闻缘觉菩萨，皆由此依他起上遍计执空之道，而得涅磐。皆共此一妙清净道，皆同此一究竟清净更无第二。故二乘人证法无我，是否此经之义耶。若云是者则违前说。若云不是，则当解说此经之义。
＇菩萨地亦说＇等，即彼答难。谓菩萨地说妄执增益自性差别遍计所执为有自相之法我执，是为生死究竟根本。即由如是法我执故，引生萨迦耶见。由彼引生诸余烦恼。令诸有情流转生死，由四寻思四如实智证唯识性，由修彼性灭法我执，由灭彼执诸余烦恼亦皆灭故。清辩论师等亦许法我执是补特伽罗我执根本故。其法我执虽是生死究竟根本，然解脱生死不须断彼。以断法我执虽亦尽断补特伽罗我执，但未尽断法我执者，亦可尽断补特伽罗我执故，虽未灭生死究竟根本，然能解脱生死，无相违故。
解深密经说皆由此道者是总指依他起上遍计执空之道非定指证法无我之道依他起诸蕴由增益补特伽罗之遍计执空证此补特伽罗无我之道亦能尽断一切烦恼就此唯断烦恼之解脱大小二乘无有差别故经说皆共此一妙清净道皆同此一究竟清净。
若尔何故解深密经，唯依法无我义建立三相，不依补特伽罗无我建立三相耶，答，解深密经正为解释般若经义，谓依他起诸蕴，由增益法我遍计所执空之法无我性为圆成实而建立三相。由此当知，依他起诸蕴，由增益补特伽罗我遍计所执空之补特伽罗无我亦是圆成实。如此建立三相，即是初转法轮之经义。故初转法轮所为之机，仅能通达初转法轮所说补特伽罗无我之相无自性。而不能通达第二转法轮所有意趣。第二转法轮所为之机，仅能通达第二转法轮依法无我建立之三相。第三转法轮所为之机，正由通达第二转法轮所有密意，亦兼能通达初转法轮所有密意。此即普为发趣一切乘者，转善辨法轮之义。非说第三法轮所为之机，有三类种性之机也。
庚二，断违除害论诤。
＇若于假立自性善别，至，当是彼造。＇
他作是难汝说依他起性由遍计所执空为圆成实，与除害论相违。以彼论说圆成实性为空依处，由前二自性空故。答除害论说不应道理，以诸众生流转生死之根本，是于诸蕴增益法我之法我执。为断彼执，理应显示增益法我究竟依处之诸蕴，由法我空。若证圆成实性由前二性空，全不能损法我执故。譬如欲除毒蛇恐怖应说无蛇，说无狮子则不能遣毒蛇之恐怖，以是当知除害论非世亲菩萨造，以世亲菩萨释正理论说，解释般若经密意须如解深密经，此论与彼极不符故。如古书说此除害论是牙军造，当是彼造也。余文易解，兹不详释。
丁三，由此分辨诸经了不了义。分二
戊初，建立自宗。戊二，观察寂静论师所许应不应理。今初
＇无著兄弟，至，非此观察了不了义所依之处。＇
无著兄弟如上解释依他起上由增益自性差别遍计执空，即是诸法真实之理。则亦成立初二法轮是不了义，第三法轮是真了义。亦善辨别诸经了不了义。
如何解释初二法轮为不了义耶。谓初转法轮说有色等外六处，及眼等内六