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② 《本草纲目》卷二三《阿芙蓉》。
③ 《本草纲目》卷三○《木瓜》。
① 《本草纲目》卷四七《禽部》。
象，可以指挥自如，对于植物，家种的莲藕多佳，要比野生者好。他还观察到遗传上的相关变异，如指出人体头发发白，其迟早老少，均与寿命之短长无关，而与“祖传”等因素有关；又指出乌骨鸡只须验舌，即可以知晓是否真乌骨鸡等等。
在矿物学和化学方面，李时珍已注意到地球化学分区的现象。在叙述铜矿时，指出有赤、白、青之分。又指出水精出于南方者白、北方者黑，信州水晶则浊，说明矿物的分布和性质与地球的区域不同有关。关于无机化学和有机化学，书中记载无机单体化学元素十九种，包括钠、钾、钙、镁、铜、银、金、汞、锌、锡、铝、锰、铅、铁、硼、碳、硅、砷及硫等，以及由这些元素构成的化合物数十种。对于每一种物质的来源、鉴别及化学上的特性，都有较详尽的叙述。最可贵的是已依照各种单体元素及其化合物进行分类，基本上能按单体元素分类，从而澄清了其前代在这类药物上的一些混乱。在制备各种药物时，记载了包括蒸馏、蒸发、升华、重结晶、风化、沉淀、干燥、烧灼、倾泄等现代化学所应用的各种方法。他认为，城市中的井水易污染，如用来煎药，须浓煎澄清后，才能应用，否则将影响药效。他还掌握了制备碱性碳酸铜的方法，即利用铜器在带微酸性的浆水与空气中的二氧化碳互相作用下出现的化学反应的结果。书中叙述的制备粉锡（即碱性醋酸铅）的方法，与现代荷兰法制备相似。他在叙述铅丹的制备法时，提到的制备过程，是利用物质溶解度和比重的不同，进行分离和提纯，由硝石与矾石分解和氧化而完成的。就石膏而言，李时珍指出，根据硬度的不同，长石与寒水石实为不同的两种；再根据破碎后之物理性质不同，即方解石呈方块状，而长石成片段状，也是同类的不同两种物质。在有机化学方面，李时珍记录了以五倍子制取“百药煎”治痰嗽的方法，实际上是我国最早制取没食子酸的记录。五倍子含有大量的鞣质，遇到蛋白质及胶质时即生成沉淀，经过发酵可使毒性降低，而溶解性提高，如再经麴菌的水解作用，就得出白色丝状的没食子酸结晶，这个过程他已经加以实际应用了。
其他自然科学，如在解剖生理学方面，从解剖学上说，李时珍所指的“脾”，乃俗话所说的“联贴”，是有形之物，即后世所说的胰脏。他又首先提出“脑为元神之府”，说人体的头部如圆形的穹窿天盖，在这里有“泥丸之宫”，是一身神灵所集中的部位①，这在我国古代医学以心为全身脏腑的主宰的传统观念中，是一个了不起的成就，使其后的一些医学家对于脑子的功能有进一步的认识。在药物栽培方面，对于土壤、整地、繁殖、灌溉、施肥和收获的知识，都符合现代药物栽培学的要求。李时珍还通过利用较精密的称量方法，测量容器中水分蒸发速度的不同，以预知天气的晴雨；利用玻璃中是否有气孔存在，以鉴别天然及人工制造产品。他还指出动物粪便可以化石、动物也可以化石，这些也属首次记载。他还指出月球与大地一样，其中的树影、嫦娥之类，实乃“山河之影尔”②，至于雨中落桂、雨尘沙土石、雨金铅钱汞、雨絮帛谷粟、雨草木花药、雨毛血鱼肉等等，如其认为并“非月中有桂”，因为桂只在南方才有，所以南方雨桂，乃自然现象。李时珍当时对一些天文气象现象的了解已是很深入的了。
① 《本草纲目》卷三四《辛夷》。
② 《本草纲目》卷三四《月桂》。
第三节科学思想和科学方法李时珍之所以能在古代科学上攀登高峰，取得伟大的成就，正是因为他有着一套科学的思想方法和工作方法，再加上他的勤奋刻苦、孜孜不倦的精神，这些就是他取得成就的关键所在。
首先，李时珍在研究过程中，坚持了自然科学唯物论的原则。他从小就受到儒家封建礼教的教育，在思想上受到熏陶和束缚，但他坚持了唯物论原则，因而还是能取得成就。他所从事的是研究本草学，也就是古代的博物学。宋代理学家朱熹说过：“上而无极太极，下而一草一木，昆虫之微，亦各有理。一书不读，则缺了一书道理；一事不穷，则缺了一事道理；一物不格，则缺了一物道理。须看逐一件与它理会过。”①对自然界一切要做到所谓“格物致知”。李时珍同意这一观点，说古人既然如此重在“格物”，则“医者贵在格物也”②。他认为天下万物，都可以为药，“虽冷僻不可遗也”，“天下无弃物”③。他认识到并掌握了自然界的某些规律变化，了解自然界事物的共性和个性，知道什么是正常的，什么是异常的。认为“神仙之说渺茫，不知有无。然其所述之物，则非无也”①。明确地把客观存在的物质，与虚无缥缈的唯心邪说截然分开。他还十分注重自然界各种事物中有时存在着违背一般规律的特殊现象，诸如诸木皆浮于水，独沉香入水则沉，而众石入水皆沉，唯浮水石入水反浮这类稀奇古怪的现象。只有在充分掌握和了解自然界的众多现象和规律之后，进行总结，才能得出正确或较正确的判断，“理外之事，容或有之，未可便指为谬也。”
李时珍对格物的目的性的认识，是为了在临证实际工作中的应用，即“格物致用”。他说过，要掌握本草的内容，得其要领，重要的是“在用者能得肯綮，而执其枢机焉”②。所以《本草纲目》中于每一种药物之后都列出该药的功用方剂，是“著用也”。通过对自然界大量事物的学习、实践和研究，李时珍终于成为一个具有坚持自然科学唯物论原则的杰出科学家。
其次，李时珍强调必须用辩证的观点来对待变化了的自然界事物。在本草学的范畴里，一些古代本草学者，对于不同时代学者对某一生物形态、药物性质等的不同描述，常常是意见相左，争执不休，很少用辩证的观点去看待在时间上的变化和迁徙所起的影响及所致的差异，也很少用同样的观点去看待地大物博、地域方舆在空间上的区别，因而在这方面仍然停留在单纯的本草学的范畴。李时珍则从自然科学的角度去研究中药学，在深度和广度上都远远超过他的前代。深邃的学识、广阔视野以及唯物论的态度，使他观察到了生物界在时间和空间上的变化。如，汉代《神农本草经》将云实花这种药列入可长期服用的“上品”药。事实上，这是一种烈性药，不可久服，李时珍直率地指出：“此古书之讹也”，敢于批评本草学家奉为神圣的经典。对于某些叙述有所不同的药物，他并不一概斥为“古书之误”，而是辩证地① 《朱子语类》卷十五。
② 《本草纲目》卷十一《芎贰�
③ 《本草纲目》卷三八《服器》。
① 《本草纲目》卷九《石芝》。
② 《本草纲目》卷九《水银》。
对待。如，黄连这种药，汉代《李当之本草》指出以蜀郡色黄质肥而坚者为善；到了唐代，则以澧州（今湖南澧县）者为好；而明代则以雅州、眉州（今四川雅安、眉山等地）者为上乘，李时珍认为这是古今药物“兴废不同”所致。同样，莎草一药，是重要的药用植物，李时珍指出南北朝陶弘景的《本草经集注》还不识此药，其他各种本草书也不知有此药，认为这种情况是古今在药物上的差异，不足为怪。所以，他指出现今不识之物，就弃之不用，“安知异时不为要药？”①认为“盖有隐于古而显于今者。。虽冷僻不可遗也”②。
李时珍具有实事求是的科学态度。自然界事物无穷无尽，一个人的精力、寿命都有一定的限度，不可能亲身穷尽一切事物。对于那些反科学的邪说，他痛斥其谬，而对于亲自经历实践过的，肯定无疑的科学事实，他如实记载