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菌丝通常是圆管状，分枝，不同真菌的菌丝粗细不同，一般粗细为（0。5—）5—6（—100）μm。幼龄菌丝一般无透明，老龄菌丝常呈现各种色泽，如褐色、棕色、紫色等。菌丝外部为细胞壁，内部为含有原生质、细胞核、液泡和油滴等内含物。细胞核很小，在营养生长阶段不很清楚，但在生殖阶段时，特别是一些较高等的真菌，细胞核就变得大而明显。
低真菌的菌丝一般没有隔膜，管状，内含许多细胞核，全体犹如一个多核的细胞，这种菌丝称为无隔菌丝或管状菌丝。高等真菌的菌丝，有很多隔膜，分为若干菌丝细胞，每个细胞内含有一至多个核，细胞之间有孔道相通，这种菌丝称为有隔菌丝或细胞状菌丝。
一条管状菌丝或菌丝体的片段为大多数真菌的营养体单位，它在基物上或基物内向各方分枝延伸吸取养料。菌丝一般由孢子萌发后延长形成，或由一段菌丝细胞增长而成。菌丝为顶端生长。但其各部分均有潜在的生长能力，任何一段微小碎片或片段都能产生一个新的生长点，并发展成新的个体。菌丝生长是无限的。
（2）菌丝的状态 菌丝在长期适应不同外界环境条件的过程中，产生了不同类型的变态，最常见的是吸器和厚垣（壁）孢子。
①吸器：寄生真菌的菌丝在寄生细胞间隙生长，从菌丝生出旁枝，伸入寄生细胞内吸收养料，称为吸器。吸器有各种形状，如丝状、指状、球状等。
②厚垣（壁）孢子：在不良的环境条件下，菌丝的顶端或中间的某些细胞膨大，原生质浓缩，细胞壁增厚，形成椭圆性或球形的结构，这种结构贮藏了大量养分，既可抵抗不良环境条件，又可分散传播，作用与孢子相同，所以称为厚垣（壁）孢子。当条件适宜时，就可萌发产生菌丝体。
真菌菌丝的变态除吸器和厚垣（壁）孢子外，还有匍匐枝、假根、附着胞、附着枝等。
（3）菌丝的组织体：菌丝生长到一定阶段，为了适应一定的环境条件或抵御不良的环境条件，菌丝体变成稀松的组织或紧密的拟薄组织，形成特殊的组织体。常见的组织体有菌核和子座。
①菌核：是由拟薄组织和疏松组织组成的一种休眠体，形状、大小、颜色不一，有的似绿豆形，有的似鼠粪或呈不规则形，颜色较深，往往是褐色或黑色。真菌组织坚硬，其中贮藏较多的养分，对高温、低温和干燥的抵抗力都很强，是某些真菌用以度过不良环境的休眠器官。当条件适宜时，菌核萌发产生菌丝体或子实体，一般不直接产生孢子。
②子座：子座是有拟薄组织和疏松组织组成的或由菌丝体与部分寄主组织结合形成的一种垫状营养结构。子座有垫状、壳状和其他各种形状，它一般紧密地附于基物上，子实体常常形成于其上或其中。子座有产生繁殖和度过不良环境的作用。
2。 真菌的繁殖体
真菌的营养体生长到一定时期后开始形成繁殖体，产生各种类型的孢子。真菌的繁殖方式分无性繁殖和有性繁殖。
（1）无性繁殖 真菌的无性繁殖指不经过细胞生成性器官的结合，直接由营养菌丝分化形成孢子的繁殖方式。通过无性繁殖组成的孢子称为无性孢子。常见的无性繁殖有游动孢子、孢囊孢子、分生孢子。
①游动孢子：鞭毛菌的无性孢子。由菌丝顶端或由菌丝分化形成的孢囊梗的顶端膨大产生游动孢子囊，在游动孢子囊内形成没有细胞壁、有1~2根鞭毛、能在水中游动的孢子，称为游动孢子。
②孢囊孢子：结合菌的无性孢子。由菌丝分化形成的孢囊梗的顶端膨大形成孢子囊，在孢子囊内形成有细胞壁而没有鞭毛的孢子，称为孢囊孢子。
③分生孢子：子囊菌和担子菌的无性孢子。产生于由菌丝分化而形成的形态与菌丝有明显区别的孢子梗上的孢子称为分生孢子。产生分生孢子的孢子梗称为分生孢子梗。
孢囊梗和分生孢子梗常三五成束从寄主的气孔伸出体外，对孢子的飞散传播十分有利。有些真菌的分生孢子就直接产生在上述简单的分生孢子梗上。另外一些真菌则在寄主表面或组织中形成瓶状、球状或拟球状的分生孢子器，分生孢子产生在分生孢子器内的分生孢子梗上或直接从分生孢子器的内细胞壁中产生。分生孢子器顶端有一孔口，孢子成熟后由孔口散出。还有一些真菌在寄主表皮下形成垫状的分生孢子盘，分生孢子梗短而密生在分生孢子盘上，梗上着生分生孢子，分生孢子顶破表皮露出体表。
分生孢子梗、分生孢子器或分生孢子盘都是形成孢子的结构，通常把真菌形成孢子的结构，无论形成有性孢子或无性孢子，结构简单的或复杂的，统称为子实体。
（2）有性繁殖 真菌的有性繁殖是指由两个交配的性细胞或性器官结合形成孢子的繁殖方式。通过有性繁殖形成的孢子称为有性孢子。
真菌的有性繁殖方式有多种，低等真菌两个单细胞的营养体或两根菌丝就可结合，多数真菌是在菌丝体上分化出性器官进行交配。真菌的性器官称为配子囊，配子囊内的性细胞称配子。两种不同性别的配子囊或配子，大小、形状相同者，称为同型配子囊或同型配子，大小、形状不同者，则称为异型配子囊或异型配子，经过有性繁殖，不同真菌可分别形成不同的有性孢子。
①卵孢子：鞭毛菌中卵菌的有性孢子。由两个异型配子囊（小型配子囊棍棒状，称为雄器，大型配子囊球形，内含一个至多个卵球，称为藏卵器）结合，在藏卵器中形成的厚壁休眠孢子称为卵孢子。
②结合孢子：结合菌的有性孢子。由两个同型但性别不同的配子囊经过结合而形成的厚壁休眠孢子称为结合孢子。
③子囊孢子：子囊菌的有性孢子。由两个异型配子囊（较小的雄器和较大的造囊器）相结合，形成袋状子囊，在子囊内形成的内生孢子称为子囊孢子。
④担孢子：担子菌的有性孢子。由性别不同的菌丝相结合形成双核菌丝，双核菌丝的顶端细胞膨大，形成棒状的担子。在担子上产生的外生孢子称为担孢子。
真菌的有性孢子一般是休眠孢子，一年往往只发生一代，产生数量也较少，但对环境的抵抗力较强，有度过不良环境的作用。
真菌从一种孢子萌发开始，经过生长和发育，最后产生同一种孢子的全过程称为生活史，亦称为个体发育史。真菌典型的生活史一般包括无性阶段和有性阶段，即营养菌丝在适宜的条件下产生无性孢子，无性孢子萌发形成芽管，并继续生长形成新的菌丝体，这是无性阶段，在一个生长季节常循环多次。至生长后期进入有性阶段，菌丝体上开始形成两性交配细胞，两性细胞经过质配、核配和减数分裂后，产生有性孢子，有性孢子萌发再产生菌丝体。
大部分真菌在其整个生活史中只产生一种无性孢子和一种有性孢子，也有少数真菌在其生活史中可产生多种类型的孢子，产生多种类型孢子的现象称为真菌的多型性，如锈菌典型的生活史可产生五种类型的孢子，即冬孢子、夏孢子、锈孢子、担孢子及性孢子。如果各种类型的孢子在同一寄主上就可完成其生活史的称为单主寄生；需要在两种不同的寄主上才能完成其生活史的称为转主寄生。
有些真菌不产生有性孢子，只以无性生殖完成其生活史，如许多半知菌。而有的真菌在其生活史中几乎没有无性繁殖，如黑粉菌和锈菌。
在细胞生物的五界系统中，真菌作为一界与动物界、原生界和原核界鼎足而立。真菌界下分粘菌门和真菌门，真菌门下分鞭毛菌、结合菌、子囊菌、担子菌和半知菌五个亚门。各亚门真菌的主要区别见表。
真菌门五个亚门的主要形态区别
亚 门 营 养 体 无性繁殖 有性繁殖
鞭毛菌亚门 单细胞或无隔多核菌丝 孢子囊产生具有鞭毛的游动孢子 同型配子配合产生休眠孢子或异型配子囊配合产生卵孢子
结合菌亚门 无隔多核菌丝 孢子囊产生无鞭毛的孢囊孢子。 同型配子囊接触配合产生接合孢子
子囊菌亚门 单细胞（少数）或发达的有隔菌丝
分生孢子 异型配子囊配合或精子配合产生内生的子囊孢子
担子菌亚门 发达的有隔菌丝 很少产生无性孢子 菌丝联合或精子配合产生外生的担孢子
半知菌亚门 发达