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依据这些同样的原理，如我曾经竭力阐明的，我们便能理解，为什么海洋岛只有少数生物，而这些生物中有一大部分又是本地所特有的，即特殊的；由于与迁徙方法的关系，为什么一群生物的一切物种都是特殊的，而另一群生物、甚至同纲生物的一切物种都与邻近地区的物种相同。我们能够知道，为什么整个群的生物，如两栖类和陆栖哺乳类，不存在于海洋岛上。同时最孤立的岛也有它们自己特有的空中哺乳类即蝙蝠的物种。我们还能够知道，为什么在岛上存在的或多或少经过变异的哺乳类和这些岛与大陆之间的海洋深度有某种关系。我们能够清楚地知道，为什么一个群岛的一切生物，虽然在若干小岛上具有不同的物种，然而彼此有密切的关系；并且和最近大陆或移住者发源的其他原产地的生物同样地有关系，不过关系较不密切。我们更能知道，两个地区内，不论相距多么远，如果有很密切近似的或代表的物种存在，为什么在那里总可以找到相同的物种。
正如已故的福布斯所经常主张的，生命法则在时间和空间中有一种显著的平行现象；支配生物类型在过去时期内演替的法则与支配生物类型在今日不同地区内的差异的法则，几乎是相同的。在许多事实中我们可以看到这种情形。在时间上每一物种和每一群物种的存在都是连续的；因为对这一规律的显然例外是这么少，以致这些例外可以正当地归因于我们还没有在某一中间的沉积物里发现某些类型，这些类型不见于这种沉积物之中，却见于它的上部和下部：在空间，也是这样的，即，一般规律肯定是，一个物种或一群物种所栖息的地区是连续的，而例外的情形虽然不少，如我曾经企图阐明的，都可以根据以前在不同情况下的迁徒、或者根据偶然的输送方法、或者根据物种在中间地带的绝灭而得到解释。在时间和在空间里，物种以及物种群都有它们发展的最高点。生存在同一时期中的或者生存在同一地区中的物种群，常常有共同的微细特征，如刻纹或颜色。当我们观察过去悠久的连续时代时，正如观察整个世界的遥远地区，我们发现某些纲的物种彼此之间的差异很小，而另一纲的、或者只是同一日的不同组的物种彼此之间的差异却很大。在时间和在空间里，每一纲的低级体制的成员比高级体制的成员一般变化较少；但是在这两种情形里，对于这条规律都有显著的例外。按照我们的学说，在时间和在空间里的这些关系是可以理解的；因为不论我们观察在连续时代中发生变化的近缘生物类型或者观察迁入遥远地方以后曾经发生变化的近缘生物类型，在这两种情形里，它们都被普通世代的同一个纽带连结起来；在这两种情形里，变异法则都是一样的，而且变异都是由同一个自然选择的方法累积起来的。
第十三章 生物的相互亲缘关系：
第十三章 生物的相互亲缘关系：
形态学、胚胎学、残迹器官
分类，群下有群——自然系统——分类中的规则和难点，依据伴随着变异的生物由来学说来解释——变种的分类——生物系统常用于分类——同功的或适应的性状——一般的，复杂的，放射状的亲缘关系——绝灭把生物群分开并决定它们的界限——同纲中诸成员之间的形态学，同一个体各部分之间的形态学——胚胎学的法则，依据不在幼小年龄发生的、而在相应年龄遗传的变异来解释——残迹器官；它们的起源的解释——提要。
分类
从世界历史最古远的时代起，已经发现生物彼此相似的程度逐渐递减，所以它们可以在群下再分成群。这种分类并不像在星座中进行星体分类那样的随意。如果说某一群完全适于栖息在陆地上，而另一群完全适于栖息在水里，一群完全适于吃肉而另一群完全适于吃植物性物质，等等。那么群的存在就太简单了；但是事实与此却大不相同，因为大家都知道，甚至同一亚群里的成员也具有不同的习性，这一现象是何等地普遍。在第二和第四章讨论“变异”和“自然选择”时，我曾企图阐明，在每一地区里，变异最多的，是分布广的、散布大的、普通的物种，即优势物种。由此产生的变种即初期的物种最后可以转化成新而不同的物种；并且这些物种，依据遗传的原理，有产生其他新的优势物种的倾向。结果，现在的大群，一般含有许多优势物种，还有继续增大的倾向。我还企图进一步阐明，由于每一物种的变化着的后代都尝试在自然组成中占据尽可能多和尽可能不同的位置，它们就永远有性状分歧的倾向。试观在任何小地区内类型繁多，竞争剧烈，以及有关归化的某些事实，便可知道性状的分歧是有根据的。
我还曾企图阐明，在数量上增加着的、在性状上分歧着的类型有一种坚定的倾向来排挤并且消灭先前的、分歧较少和改进较少的类型。请读者参阅以前解释过的用来说明这几个原理之作用的图解；便可看到无可避免的结果是，来自一个祖先的变异了的后代在群下又分裂成群。在图解里，顶线上每一字母代表一个包括几个物种的属；并且这条顶线上的所有的属共同形成一个纲，因为一切都是从同一个古代祖先传下来的，所以它们遗传了一些共同的东西。但是，依据这同一原理，左边的三个属有很多共同之点，形成一个亚科，与右边相邻的两个属所形成的亚科不同，它们是在系统为第五个阶段从一个共同祖先分歧出来的。这五个属仍然有许多共同点，虽然比在两个亚科中的共同点少些；它们组成一个科，与更右边、更早时期分歧出来的那三个属所形成的科不同。一切这些属都是从（A）传下来的，组成一个目，与从（1）传下来的属不同。所以在这里我们有从一个祖先传下来的许多物种组成了属；属组成了亚科，科和目，这一切都归入同一个大纲里。生物在群下又分成群的自然从属关系这个伟大事实（这由于看惯了，并没有经常引起我们足够的注意），依我看来，是可以这样解释的。毫无疑问，生物像一切其他物体一样可以用许多方法来分类，或者依据单一性状而人为地分类，或者依据许多性状而比较自然地分类，例如，我们知道矿物和元素的物质是可以这样安排的。在这种情形下，当然没有族系连续的关系，现在也不能看出它们被这样分类的原因。但是关于生物，情形就有所不同，而上述观点是与群下有群的自然排列相一致的；直到现在还没有提出过其他解释。
我们看到，博物学者试图依据所谓的“自然系统”来排列每一纲内的物种、属和科。但是这个系统的意义是什么呢？有些作者认为它只是这样一种方案：把最相似的生物排列在一起，把最不相似的生物分开；或者认为它是尽可能简要地表明一般命题的人为方法——就是说，用一句话来描述例如一切哺乳类所共有的性状，用另一句话来描述一切食肉类所共有的性状，再用另一句话来描述狗属所共有的性状，然后再加一句话来全面地描述每一种类的狗。这个系统的巧妙和效用是不容置疑的。但是许多博物学者考虑“自然系统”的含义要比这更丰富些：他们相信它揭露了“造物主”的计划；但是关于“造物主”的计划，除非能够详细说明它在时间上或空间上的次序或这两方面的次序，或者详细说明它还有其他什么意义，否则，依我看来，我们的知识并没有因此得到任何补益。像林奈所提出的那句名言，我们常看到它以一种多少隐晦的方式出现，即不是性状创造属，而是属产生性状，这似乎意味着在我们的分类中包含有比单纯类似更为深刻的某种联系。我相信实际情形就是如此，并且相信共同的系统——生物密切类似的一个已知的原因——就是这种联系，这种联系虽然表现有各种不同程度的变异，但被我们的分类部分地揭露了。
让我们现在考虑一下分类中所采用的规则，并且考虑一下依据以下观点所遭遇的困难，这观点就是，分类或者显示了某种未知的创造计划，或者是一种简单的方案，用来表明一般的命题和把彼此最相似的类型归在一起，大概曾经认为（古代就这样认为）决定生活习性的那些构造部分，以及每一生物在自然组成中的一般位置对分类有很高度的重要性。没有比这种想法更错误的了。没有人认为老鼠和鼩鼱（shrew）、儒艮和鲸鱼、鲸鱼和鱼的外在类似有任何重要性