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1555年查理五世退位后，维萨里继续留在西班牙，并且当上了查理的儿子菲利普二世的御医。1564年他离开西班牙去巴勒斯坦朝圣，而——显然是——在回家途中，在希腊的扎金索斯岛去世了。
维萨里的目的，就是要让医生和解剖学家认识到当时的盖伦解剖学中的一些不恰当的甚至是谬误的东西，从而着手对这一学科进行改革，那时的这一学科——用他的话讲——处于这样一种状况，能够教给学生的知识非常少，而且比一个屠夫在其店铺里告诉人们的知识高明不了多少。在维萨里看来，真正的解剖学，亦即基于解剖的解剖学，是整个医学唯一坚实可靠的基础。C．D．奥马利——20世纪杰出的维萨里生平和事业的研究者——认为，甚至“［维萨里著作标题中的＇‘构造’这个词都可以作这样的解释，即它不仅是指人体的构造，而且也是指医术的基本结构或基础。”维萨里不仅试图用图文并茂的方式纠正盖伦的错误，而且还主张，每一位医学专业的学生和每一位医生本人都应把自己有关人体的知识建立在进行解剖的基础之上。奥马利把维萨里的辩解概括为：“除了以前已经做过实地解剖的外科医生外，教授或教师也都必须走下自己的讲台，自己动手进行解剖”（同上，7）。维萨里著作中给人印象最深之一的部分是，他解释了医生们自己做解剖时的失败怎样和为什么导致了医学的退步。
在古代的或古典的拉丁文中，与我们今天用革命这个词所表达的意思最相近的是“novae res”（从字面上看，意为“新事物”）。毫无疑问，维萨里的《构造》中有大量的新事物，其中许多是与盖伦的论述或已被公认的观点相矛盾的。建立以直接的人体解剖经验为基础的解剖学知识，并且为了比较，建立以动物解剖为基础的解剖学知识，以及提倡医学专业的学生们、解剖学家和医生们自己动手完成解剖工作，这些也都是崭新的、闻所未闻的事情。维萨里不仅用实例说明，这种实地解剖已经产生了新的知识；而且他还为读者提供了明确的指导，告诉他们应当怎样看手进行解剖，以便证明维萨里本人的描述，或“得出某种独立的结论。”维萨里著作的革命方面的价值，因其精美而详尽且艺术性很强的解剖学图解有了相当幅度的提高。正是为了强调“自己动手”这一革命性建议，维萨里甚至还在书中用了一整页的插图，以展示完成他建议读者去做的解剖所必备的工具。
毫无疑问，维萨里成功地在解剖学这一学科中、在解剖学的教学方法方面开始了一场改革。据奥马利称：“到了17世纪初，除了少数几个保守的中心如巴黎和帝国的某些地方外，维萨里的解剖学既赢得了学术界的支持，也赢得了公众的支持”（1976，12）。然而奥马利并没有说，维萨里使解剖学这一学科革命化了，也没有说维萨里开始了一场革命，甚至在其很有权威性的传记的开头这样讲：“现在，大部分学者并不认为安德烈·维萨里是现代解剖学的奠基者”（1964）。我也没有发现，科学史家们——或者，就此而论，生物学史专家、医学史专家以及解剖学史专家们——曾普遍地提到过一场“维萨里革命”，尽管与通常使用的“哥白尼革命”这一表述中所表示的所谓天文学改革相比，维萨里在改造他的科学中的实实在在的成就和直接的影响似乎更值得使用“维萨里革命”这一称谓。
对维萨里的评价之所以未把他看作是一位革命者，一个可能的理由恐怕就是，他秉性谦虚，这一点从他对盖伦的实际评论中可以略见一斑：他曾把盖伦尊称为“医生王子”。在他出版的著作中，他既没有对盖伦或盖伦学说采取正面攻击的方式，也没有对盖伦进行批评或纠正，除非有这样的特殊情况，即“他觉得有充足的理由采取这样的行动”（奥马利1964，149）。他“从来没有违反过他的这一行为准则”，他也从来没有嘲笑过盖伦或“公开以盖伦为戒”。（另请参见本书第5章的补充材料5．2中有关维萨里的人道主义的论述。）
维萨里并未采取一种反对盖伦的革命态度。他在公开表述任何与盖伦的教导不同的观点前，都要犹豫很长一段时间，而且，当他最终这样做时，他只是批评盖伦关于解剖学的著作，而不是“从总体上批判盖伦的医学体系”（沃尔特·佩奇尔和P．拉坦希1964，318）。尽管维萨里大胆地批评了盖伦的那些从未“与他有过丝毫偏离”的追随者（维萨里1543，pref·4；法林顿译，1932，1362），但维萨里马上又补充说，他本人并不希望让人觉得似乎“对这位作者有价值的东西背叛无遗，或者对其权威有任何不敬之举。”这样，在用对事实的描述性陈述否定了盖伦的“腔静脉发端于肝脏这一说法”后，在指出盖伦“没有注意到已观察到的腔静脉口的大小是主动脉口的三倍”之后，维萨里总结说，“然而，我并不觉得更详细地去研究这些问题以及其他许多问题有什么乐趣可言”（奥马利泽，1964，177）。这种态度也许与（后面所讨论的）具有反叛精神的帕拉切尔苏斯的态度形成了对比，后者公开把阿维森纳的医学著作付之一炬，借以宣布，所有这些著作毫无价值。
据说，左心室和右心室中间隔着的那层隔膜（壁）上存在着微孔，在对此微孔的讨论中，也许能最清楚地反映出维萨里的这种不革命的态度。这些微孔或通道是盖伦生理学的一个基本的组成部分，它们提供了一条必由之路，使得血液可以一次一滴地从所谓“动静脉”（对我们来讲，是指肺动脉）渗入“静动脉”（或肺静脉）。盖伦在授课时说（而且盖伦主义者也相信），空气就是通过“静动脉”从肺部输送到心脏，它在“静动脉”处与从隔膜上的微孔中渗过来的一滴一滴的血结合在一起，从而产生出了动脉血。我们现在知道，尽管在隔开左右心室的隔膜上有一些微小的凹斑，但并不存在这里所谓的从左心室通向右心室的微孔（反之亦然）。这些凹斑是难以识别的；“甚至连一根细细的毛发也无法穿其而过，从心室的这一边进入到另一边”（查尔斯·辛格1956，14）。然而查尔斯·辛格注意到，“有些人对理性的证明视若无睹，他们仍然继续相信确实存在着这样的思路。”为什么？“伟大的盖伦相信它们存在，这就足矣！”
通过对人的心脏的实地解剖，维萨里马上就明白了，并不存在此类从心脏的一边通向另一边的通道。我认为，一个真正的革命者完全可以得出结论说，整个盖伦的生理学、甚至以此为基础的盖伦医学肯定错了，而且应当立刻予以抛弃，因为它们事实上是没有任何根据的。但维萨里并没有这样做！相反，他在其书的第二版中（巴塞尔，1555）表现出“缺少自信”，这可能只会使他对盖伦有关心脏和血液的学说进行改革（M．6，Ch．15）。我们得知，他有意识地“使他的教科书在很大程度上‘迎合’盖伦的学说（dogmata）。”维萨里之所以恪守盖伦的生理学学说不敢越雷池一步，并非是因为他真诚地相信它们是正确的，而是“因为他觉得他无力完成改革工作”（佩奇尔和拉坦希，1964，318）。
维萨里在《构造》中指出，心脏隔膜是“由心脏中极为致密的物质构成的，”因此——尽管隔膜“两边凹斑密布”——“就我们所能感知的情况来看，没有哪个凹斑的构造是从右心室通向左心室的。”有鉴于此，他只能得出这样的结论：“因而我们不得不为造物主使血液从右心室穿过肉眼看不见的微孔进入左心室的技术［industria＇所叹服”（辛格泽，1956，27）。在《构造》的第二版中，这段话略有修改（同上）：
尽管这些凹斑有时候十分明显，但就可感知的情况来看，没有哪个是从右心室通向左心室的…我还没有发现最隐蔽的穿过心室隔膜的通道。然而，那些断言血液是从右心室输送到左心室的解剖学教师还在描述这类通道。无论如何，我对心脏这方面的功能是十分怀疑的。
在他对这一问题的另一处讨论中，表现出了他在逐渐独立于盖伦的迹象（辛格泽，1956，28）：
在涉及到心脏的结构及其各部分的作用时，我使自己的论述大体上与盖伦的学说相符：这并非是因为，我认为这些学说无一不与真理协调一致，而