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1952年12月，由苏哈乔夫编辑的《植物学杂志》发表了两篇批评李森科的文章，两位作者原先都是李森科的热情支持者，这两位作者认为，李森科关于物种形成的理论是从达尔文主义和米丘林学说向后倒退了。文章不过是对李森科作了很有限的批评，但比文章本身更重要的是：终于可以让不同意见发表了。科学界以巨大的热情支持这个新开端。许多人挥笔参战，几十篇文章涌向《植物学杂志》编辑部，在理论和实践两个方面对李森科进行初步揭露之后，在1955年末就有300多位科学家在一份请愿书上签名，请求免去李森科的全苏农业科学院院长的职务，这个请求被接受了。李森科的势力开始受到削弱。
1958年12月，由于赫鲁晓夫的支持，李森科在生物学和农业研究部门以及在高等教育和中等教育方面重新在组织上巩固了统治地位，他专横跋扈的学阀作风愈演愈烈，以至于从1959年到1962年期间的所有出版物，没刊登过任何一篇批评李森科的文章，这使前苏联的遗传学研究工作又受到了一次严重的政治冲击。
1963年发表了一篇长文，题为《农作物遗传性走向变异的理论》，在《真理报》和《消息报》上同时刊登。他依然表示了对孟德尔一摩尔根的愤慨。他再一次否认遗传物质的存在和DNA的作用。1963年3月列宁全苏农业科学院召开会议，赫鲁晓夫悍然采取高压手段，又一次稳住了李森科的已经动摇了的学阀地位。
后来，一本政治杂志《涅瓦》发表了一篇文章，题为《苏联遗传学的展望》。文章介绍了遗传学在理论上和实践上的成就，对“资产阶级生物学”的提法表示了怀疑，并严肃地批判了李森科主义。李森科由于在科学上经不起反对派的挑战，不得不巴结权贵，寻求政治靠山；赫鲁晓夫则由于在政治上受到了反对派的挑战，已经在农业问题上为他的政治赌博采取了孤注一掷的措施，也梦想依靠李森科的“科学”赢得这场赌博。赫鲁晓夫在1964年2月中央全会上极力推崇李森科的方法。这时苏联的农业面临许多严重的问题，情况已经发展到不容乐观的程度。
1964年6月，科学院选举院士之前，赫鲁晓夫又提议给遗传学增加院士名额，借以壮大李森科的声势。可是，李森科的一个心腹努日金的资格，在科学院全体会议上讨论时遇到了麻烦。投票表决的结果，努日金落选。赫鲁晓夫知道后指责科学院干预政治。他甚至打算取消科学院，后来又想把科学院改组为“科学委员会”，为此成立了一系列委员会，检查科学院生物学研究所的工作。
赫鲁晓夫垮台了，李森科也失利了。1965年2月，李森科被解除了苏联科学院遗传研究所所长职务。这就宣布了李森科维持了多年的“科学”生命此时才算了结。按照苏联法律的规定，李森科依然有三个院士（苏联科学院、列宁全苏农业科学院和乌克兰科学院）的头衔，享有社会主义劳动英雄的称号和九次列宁勋章获得者的荣誉，终身享受着这些头衔、称号和荣誉所给予的一切特权。
1976年11月20日，李森科结束了的一生，这位曾经声名显赫、不可一世的“大人物”，最后无声无息地离开了人世。
3、与李森科相关的几个科学家
1）米丘林与“米丘林生物学”。
米丘林（1855…1935）是一位有贡献的植物育种学家，他在长期的实践中，积累了丰富的果树育种经验，总结了一些带有规律性的认识，反映了生物遗传规律的某些侧面。米丘林早期对孟德尔定律表示过怀疑，但并没有把这种怀疑推广到整个遗传学，而且他在后期的一些着作中承认了基因的存在。米丘林受拉马克主义的影响，同意获得性遗传。他和当时的苏联的遗传学代表人物瓦维洛夫的关系是友好的。米丘林是一个朴素的果树育种专家，从不以大生物家自居，也从来没有借助政治力量排除异己。直到1935年去世，米丘林从来没有建立什么遗传学，没有提出建立一门科学的理论和方法的体系。所谓的“米丘林生物学”只不过是李森科杜撰的、用来支持维护自己的学术观点的一个招幌。
2）勒柏辛斯卡娅与新细胞说。
勒柏辛斯卡娅毕业于医学院，曾长期在组织学实验室工作。1933年，62岁的勒柏辛斯卡娅开始进行细胞起源的研究。1945年她发表了《细胞起源于生活物质以及生活物质在有机体中的作用》一书，对自己关于细胞的研究工作做了详尽地总结。她声称自己发现了一种非细胞形态的“生活物质”，能够演变为细胞，从而推翻了德国着名生物学家微尔和从病理学研究提出的“细胞来自细胞”这一科学假说。当时任全苏农业科学院院长的李森科为这本书作了序，称她的发现是对科学的伟大贡献。
尽管多年来苏联的一些科学家对勒柏辛斯卡娅的学术研究进行过质疑、反对和批判，但因为李森科的支持，勒柏辛斯卡娅的学说受到广泛宣传，并被写进高等学校的教学大纲中，变成了生物学的基础之一。1950年政府甚至做出决议，宣布勒柏辛斯卡娅的工作是伟大的成就，号召生物学家和医学家在此方面进行研究，勒柏辛斯卡娅也被授予了斯大林奖金。
政府的行政命令果然使一些科学家按照勒柏辛斯卡娅的研究方法进行重复性实验研究，检验结果证明她的研究工作几乎都是错误的，没有一项实验能够确认或者重复。到了1956年，勒柏辛斯卡娅的新细胞学说基本上被学术界否决了，许多研究单位自动取消了有关“生活物质”的研究。
3）波希扬的微生物学新理论。
波希扬曾任苏联农业部实验兽医研究所微生物学和生物化学研究室主任，主要研究马的传染性贫血。1949年，波希扬出版了一本很轰动的小册子《论病毒与细菌的本质》。波希扬的这本书得到了他所在的研究所所长列昂诺夫的作序和苏联农业部兽医司司长的吹捧，并在报纸上大力宣传。列昂诺夫从政治和哲学的高度对波希扬的理论进行褒奖，并把波希扬的理论和勒柏辛斯卡娅的新细胞学说等同起来，这等于给波希扬的理论打上了李森科的政治权力保护伞。
在这本书里，波希扬提出了为数众多的新理论，如病毒和细胞可以互相转化、活菌由非生命物质转化而来、病毒可以在普通细菌培养基上生长，等等。不过这些结论既没有研究方法的介绍，也没有实验对照，更没有学术机构的鉴定和审核。面对苏联医学科学院组织的专家检查，波希扬拿不出任何支持自己的证据。由于波希扬没有得到李森科的直接支持，波希扬的新理论很快就寿终就寝了。1954年后，波希扬也在苏联科学界消失了。
4、瓦维诺夫与李森科的斗争
瓦维洛夫1887年出生于莫斯科，从莫斯科大学农学院毕业后先后留学英国和法国。瓦维洛夫回到俄罗斯后，1917年被任命为沃诺尼兹农学院遗传学和育种学教授以及萨拉托夫大学农学教授，1920年在彼得格勒担任应用植物学所（该所后来为苏联植物栽培学研究所）所长， 1929年成为苏联农业科学院第一任院长。
瓦维洛夫也早在20年代初就拟订了一个整理全国植物资源的系统计划，其中包括提高选种水平和种子生产水平的研究方案，也开始考虑在苏联如何利用世界科学及其实践方面的最新成就。人们对植物品种的要求是多方面的，但要获得兼具各种优良性状的新品种并不是一朝一夕之间能如愿的。限于当时的科学发展水平，最有效的途径是用个别具有合乎需要特性的品种进行杂交，从杂交后代中继续选择确定所需要的组合，它的理论基础就是基因学说。瓦维洛夫及其合作者们为此收集了大量资料，并打算从各个角度加以系统研究，以便使广大育种工作者都能从这些研究中得到理论上的支持和实践方面的指导。根据瓦维洛夫的建议，成立了全苏植物育种研究所和遍布全国各地的实验基