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阮大铖为兵部侍郎。
阮大铖在《留都防乱公揭》一事后为东林和复社党排挤，蛰伏多年，自然要修怨报复。阮大铖编造了《蝗蝻录》，诬指东林党人为蝗，复社人士为蝻，并根据《留都防乱公揭》的名单捕杀复社志士，企图一网打尽。黄宗羲与顾杲一起被捕入狱。幸而刑部掌院邹虎臣与顾杲是姻亲，故意拖延审讯。
1645年五月，清军攻下南京，弘光政权瓦解，黄、顾得以乘乱脱身。黄宗羲晚年回忆此事时说：“弘光南渡，止结得《留都防乱揭》一案也。”但此案虽然了结，而黄宗羲“半生滨十死”的艰险岁月，却仅仅是个开头。
当清兵大举南下时，黄宗羲愤而毁家纾难，和浙东人民团结在一起，展开轰轰烈烈的抗清运动。他组织起一支抗清的“世忠营”，有3000多人。后来他又联合了太湖一带的豪杰，抗拒清兵达半年之久。当他扼守的四明山寨被攻破后，黄宗羲渡海到舟山，依附鲁王，和张煌言等继续搞复国活动。其间满清悬榜缉拿黄宗羲，黄宗羲带着全家到处避难。在几年颠沛流离生活中，黄宗羲一家累遭祸殃，儿媳孙氏、儿子阿寿、孙女阿迎接连病死，故居两次遇火，所以，他悲愤地写下了“八口旅人将去半，十年乱世尚无央”、“半生滨十死，两火际一年”的诗句。
康熙三年（1664年），张煌言殉难，黄宗羲感到恢复明朝事业已经无望，于是告别了颠沛流离的生活，改名换姓回到故乡，聚众讲学，著书立说。
黄宗羲晚年建龙虎山草堂于化安山，从事读书著述。黄宗羲学识广博，他坚决反对明末空洞浮泛的学风，倡言治史，开浙东研史之风，为清代史家之开山祖。史学之外，对经学、天文、历算、数学、音律诸学都有很深造诣。他留下了许多著作，最著名的就是他在54岁时写的划时代的《明夷待访录》。
康熙十七年（1678年），清廷议修《明史》，特开“博学鸿儒科”，以延揽人才。叶方霭向康熙帝推荐黄宗羲。黄宗羲的弟子陈锡嘏当时在北京任职，代为力辞。黄宗羲闻知后即致书陈锡嘏表示感谢，说他对叶氏举荐之事，“始闻之而骇，已喟然而叹”，而“喜兄（指锡嘏）之知我也”。又说如果让他“待诏金马”，无异于“断送老头皮也”。
康熙十八年，监修明史总裁徐元文、叶方霭两位内阁学士，征聘黄宗羲的弟子万斯同、万言北上修史。黄宗羲从“国可亡，史不可亡”的观点出发，支持万斯同“以布衣参史事”，但他在赋诗送行时告诫他们“太平有策莫轻题”，表明其不与清廷合作的初衷。
康熙十九年，黄宗羲年已七十一岁，徐元文在康熙帝面前举荐黄宗羲参与修史，康熙帝下旨浙江督抚“以礼敦请”，黄宗羲仍然托病力辞。但他这时亲眼看见满清的统治卓有成效，他对康熙帝恐怕已经不太反感了，在给清朝官员的信中写道：“羲蒙圣天子特旨召入史馆……时以老病坚辞不行，圣天子怜而许之。”这较之《留书》中骂清统治者为“夷狄”、为“虏酋”，已经大不相同。所以，他自己虽不应聘，却派遣自己的儿子黄百家到徐元文主持的明史馆去修史了。
黄宗羲弥留之际，仍念念不忘“从俭而葬”，使“百家不敢不遵也”。他长逝后，葬在家乡余姚城东南十公里的化安山下的龙山东南麓（现属陆埠镇十五岙村）。这一带三面青山环抱，林木葱郁，鸟语花香，景色宜人，正如黄宗羲诗中描述的：“昔年曾此作邻家，依旧水声彻夜哗。风景过清销不尽，满溪明目浸桃花。”儿孙们遵照遗嘱办理葬事，并由清初著名史学家鄞县全祖望撰写神道碑文，萧山毛奇龄撰写墓志铭。
“文革”中，黄宗羲墓被毁。
这里提下黄宗羲的弟子万斯同和《明史》的修撰。
万斯同，字季野，浙江鄞县人，幼年即阅读古书及家藏明朝史料文献；后与兄万斯大一起从著名学者黄宗羲学习，尽窥其史学蕴奥及治世致用的学问精神。康熙八年（1669年），他在越城（绍兴）姜定庵家，精读姜所藏明十五朝实录，并参以其他野史、笔记等，从此熟识明代史实，为以后写明史奠定了坚实的基础。
康熙十八年（1679年），应都总裁官、大学士徐元文之请来到北京，居其家中。当时修史之人，都可拿七品俸禄，称翰林院纂修官，但万斯同因祖宗四代效忠明朝，又受其父万泰、其师黄宗羲忠于故国思想的影响，不愿做清朝官，所以他不署衔，不拿俸禄，只作为徐氏门客，以“布衣”身分参加史局。与一般的总裁、编修不一样，万斯同是作为总审稿人参与纂修的，对明史稿的最后定稿起了关键作用，据后来全祖望在《万贞文先生传》中说：万入史局后，“诸纂修官以稿至，皆送先生复审。先生问毕，谓侍者曰：取某书某卷某页有某事当补入，取某书某卷某页某事当参校。侍者如言而至，无爽者。《明史稿》五百卷，皆先生手定。”康熙四十一年（1702年）四月初八，万在京师王鸿绪家中去世，为《明史》可谓耗尽了毕生的精力。黄宗羲《送万季野北上诗》所说：“四方身价归明水，一代贤奸托布衣。”（《南雷诗历》）即反映出万斯同在《明史》修撰过程中的重要作用。
《明史》是清代官修的一部反映我国明朝（1368～1644年）历史情况的纪传体通史。全书336卷，其中目录4卷、本纪24卷、志75卷、表13卷、列传220卷，其卷数在二十四史中仅次于《宋史》，但其修纂时间之久，用力之勤却大大超过了以前诸史。修成之后，得到后代史家的好评，认为它超越了宋、辽、金、元诸史。清史学家赵翼在《廿二史札记》卷31中说：“近代诸史自欧阳公《五代史》外，《辽史》简略，《宋史》繁芜，《元史》草率，惟《金史》行文雅洁，叙事简括，稍为可观，然未有如《明史》之完善者。”
1644年3月，农民军攻克北京，明崇祯皇帝，在煤山上吊而死，明朝灭亡。次年5月，即顺治二年五月（1645年），清朝政府在洪承畴、李建泰、范文程、刚林、祁充格奏请下，即下令设立总裁官、副总裁官，开始纂修《明史》。但是因为当时南方各地的抗清斗争如火如荼地开展，而清朝政府反动强暴的“剃发令”又引起了江南老百姓的坚决反抗和抵制。在这种战火纷飞、政局动荡的情况下，当然是无暇顾及修史的。
朝廷的意图也主要是想借此宣布明朝已经不复存在，以及笼络明朝遗老及降清明臣。加上当时明朝的大量档案、邸报等材料也没来得及整理，史料非常缺乏，因此纂修工作并未实际展开。直至康熙十七年（1678年），随着三藩之乱的基本平定，政治局面完全稳定，经济、文化各方面得到恢复和发展，人力、物力得到充实，明朝史料也大量发掘整理，修《明史》的条件已经成熟了，才正式开始《明史》的纂修工作。这一年，康熙试博学鸿儒143人于体仁阁，取上等20人，二等30人，命他们组成班子，纂修《明史》。但康熙也带有强烈的笼络汉族知识分子的政治目的，对修《明史》并不特别热心，因而纂修工作也就时紧时松，用了将近50年的时间。直至康熙去世、雍正继位之后才完成四部《明史》稿本，一种是313卷本，一种是416卷本。这是所谓万氏《明史稿》，即由民间史学家万斯同审定的两种明史稿本；另外两种是王鸿绪分别于康熙五十三年（1714年）进呈的205卷本（列传部分）及雍正元年（1723年）进呈的310卷本，但王鸿绪这两种稿本完全是在万氏稿本的基础上删削而成的。
经过近50年的努力（1878～1723年），《明史》纂修的主要工作可以说已经基本完成了，雍正元年（1723年），清廷重开史局，以隆科多、王顼龄为监修，张廷玉为总裁，在王氏《明史稿》（310卷本）的基础上进行了一些增损、考订、修改，于雍正十三年（1735年）十二月，由大学士张廷玉进呈，乾隆四年（1739年）正式刊行，《明史》终于完成了。如果从顺治二年（1645年）始修算起，直至乾隆四年正式刊行，《明史》的纂修至刊行经历了近一个世纪。
《明史》经三次纂修，延时近百年，经手之人众多。第一次纂修时诏谕中提到的总裁官有冯铨、洪承畴、李建泰、范文程、刚林；第二次纂修时，监修都总裁官有徐元文及李霨、王熙、熊赐履、张玉书，总裁官有叶方霭、张玉书及徐乾学、汤斌、陈廷敬、王鸿绪，另有编修、检讨50余人。此外还包括一些�