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斗争后来发展到对簿公堂的地步。1925年，田纳西州公立高中教师约翰．T．斯科普斯（JohnT．Scopes）为引起全国注意，故意教授关于人类起源的知识，触犯了新颁布的禁止在公立学校传授此类知识的州法，受到法庭的传讯。美国公民自由协会指控法律侵犯了斯科普斯的言论自由权。
斯科普斯审判案——或者像嘲弄达尔文关于人类起源观点的人所说的那样，猴子审判案，是科学史上的一个里程碑。争斗的双方分别是：一位是善于辞令、老谋深算、阅读广泛的著名政客——检察官威廉·詹宁森·布莱思（W。J．Bryan）；另一位是为斯科普斯辩护的著名律师——观点激进的克拉伦斯·达罗（ClarenceDarrow）。还有一位核心人物是名叫H．L．门肯（H．L．Mencken）的年轻记者。他用诙谐机智的语言描述审判时的事件，把布莱恩描绘成夸夸其谈、空话连篇的大胖子，达罗则是思维敏捷、聪明机智的自由思想家。1960年拍摄了反映这次审判的影片——《往事随风》。弗雷德里克·马奇（FredricMarch）扮演保守的检察官，斯潘塞·特雷西（SpencerTracy）扮演自由的辩护律师，吉恩·凯利（GeneKelly）扮演文笔犀利的记者。
1925年斯科普斯审判案将进化论雉上了田纳西州的审判庭。
令人惊奇的是，审判以斯科普斯的败诉告终。斯科普斯承认自己触犯法律，被判有罪并课以一百美元的罚款，后来由于一则法律条款此判决被推翻。从更广泛的意义上讲，这次审判虽然是思想之战，胜负对双方来说都不是十分明显。布莱恩宣称《圣经》是上帝的话语，凡夫俗子无权“诠释”，但达罗的诘问迫使他不得不承认，自己的确在“解释”《圣经》。例如，布莱恩承认，他不相信太阳围绕着地球旋转，尽管《圣经》中有些章节似乎暗示了这一点。达罗立即指出，既然可以做出一种说明，就可以做出无数的解释。对某些人来说，布莱恩和他的支持者，看起来好像是紧张兮兮、心胸狭窄、毫无逻辑的偏执狂；进化论者则比以前更加值得钦佩。田纳西州的这则法律“直保留到1967年，但是没有实施生效。科学家们不由暗自庆幸，注重逻辑的学术自由的力量终于一统天下。
这种自我庆幸似乎为时过早。基要主义与达尔文主义之间的对抗继续进行。二十世纪七十年代以来，成群的基要主义者（由于相信生命由超自然的神力创造，又被称为神造论者）活跃在一些教育系统，力图以所谓的“神造科学”取代在学校中传授的进化论生物学。神造科学企图说明，地球和生命的历史在某种程度上与《圣经》的《创世记》并不矛盾。法院裁决始终如一地表明，神造科学是宗教，不是科学，因此不能在公立学校中讲授。
神造论者和进化论者都对各自的理论怀着深切的激情，两者之间的论辩也异常激烈。神造论者认为，进化论侵犯了他们精神信仰的核心，反对向他们的孩子传授与宗教信条抵触的东西。另一方面，进化论者主张，问题的核心存在于事实、理论和信仰的差异当中。进化论是一门理论，是对可观察现象的解释，事实证明不胜枚举：地质记录，物种之间的结构联系，以及家养和野生动植物物种的变异等等。与任何理论一样，进化论灵活多变、富有弹性。经过修改，进化论也许能够，实际上早已能够解释任何新出现的事实。然而，《圣经》中的《创世记》并没有事实作为依据，恰恰相反，与许多广为人知的事实相互抵触。对于不需要论据的信念或信仰来说，倒是有情可原，但是这不能作为科学理论的基础。
1991年，加利福尼亚大学伯克利分校法学教授菲利普·约翰逊（PhilipE．Johnson），出版《审判达尔文》一书，做出了富有意义的区分。约翰逊指出，一些基督教基要主义者（他称为神造论科学家）坚持认为，《圣经》中上帝六天之内创造世间万物的描述是不折不扣的真理。还有一些神造论者认为，地球有十亿年的悠久历史，生命是进化而来，但是这个过程是在上帝的引导下进行的。约翰逊力图表明，像神造论者袒护神造论一样，进化论者偏袒自己的信仰，完全排斥上帝的存在。约翰逊在这里犯了一个错误，实际上进化论只是解释生命是一个自然进程，不需要神的力量或者超自然力量的介人。它并没有否定上帝的存在，只是说上帝不是生命历史的必不可少的部分。到目前为止，进化论科学从来没有明确表示上帝存在与否。然而，对于神造论者来说，没有上帝就无法解释生命则是一个不可更改的信条。神的创世奠定他们道德系统的基石。神造论科学家坚信，《圣经》中《创世记》叙述的全部是不容置疑的真理；进而非常激进地相信，传授进化论科学是对上帝的侵犯。科学与宗教的思想之争恐怕还会继续进行下去。
除了来自宗教的反对以外，达尔文主义还要面对来自科学界的异议。达尔文知道，最大的阻碍之一是缺乏亲本的特征如何遗传给后代的知识。十九世纪五十年代到六十年代，格利高利·孟德尔（GregorMendel）通过植物培育试验开始解决这个问题。但是直到二十世纪初，遗传原理开始形成时，他的研究成果才广为人知。大约在同一时间，细胞生物学研究取得突破性进展。科学家们很快确定，遗传特征与某些细胞紧密相关。从而促成了研究生物体及其群体遗传与变异的学科——遗传学的诞生。二十世纪六十年代，发现脱氧核糖核酸（DNA），现代分子遗传学诞生。DNA的庞大分子中包含磷酸酯和碳水化合物（糖）结合的线状体，为遗传信息编码，形成生命的基础。通过DNA，亲本的遗传信息转移给后代重新组合。
达尔文生前和去世多年以后，进化论比自然选择更加易于被人们接受。富有说服力的证据是，物种是由进化而来，但进化的运行机制并不显而易见。十九世纪最后一个年代和二十世纪初，科学家们提出了一系列有关进化论的思想，忽视甚至贬低作为运行机制的自然选择，曾经一度认为突变（生物体结构突然急剧的变化）是进化的原因，而不是达尔文提出的微小变化的缓慢积聚。二十世纪二十年代到三十年代，自然选择重新成为必不可少的基本部分。遗传学家证明，少数生物体内微小的变化，能够导致大规模生物群体的变化。
二十世纪四十年代左右，一些科学家，包括托马斯·赫胥黎的孙子动物学家朱利安·赫胥黎（JulianHuxley，1887－1975）和美籍俄裔遗传学家多布赞斯基（T．Dobzhansky，1900－1975），将达尔文关于自然选择的思想和对孟德尔遗传学说、古鸟类学以及其它领域的研究结合在一起，创立了“新综合派理论”（综合就是各部分的联合），又叫“综合理论”或者“新达尔文主义”。动物学家厄内斯特·梅厄（ErnstMayr）是新综合派的主要代言人之一。关于达尔文，他写道：“我们一遍又一遍地查阅达尔文的著作。因为作为勇敢无畏、富有智慧的思想家，他提出了许多别人从未涉及，关于人类起源最深刻的问题；作为富有献身精神和创新精神的科学家，他提供了才华横溢，震惊世界的答案。”
曾经一度激进的进化论思想已经渗透到大众文化的每一个方面。例如，加里·拉森（GaryLarson）的漫画对这个问题提供了一个异想天开的解答：如果像生物学家相信的那样，生命源于海洋，那么它们为什么移居到陆地？又是怎样移居到陆地上来的呢？
今天，进化论阐述的真理已被绝大部分科学家接受。“新综合派理论”产生后，进化论生物学并没有就此止步。二十世纪四十年代以来，人们不断探索，开辟进化论科学的新领域。科学家们不断提出关于物种进化的速率和运行机制的新观点；讨论进化中机缘、运气和随意环境的作用