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同年9月3日，他读到《大公报》社论《教育复员》“关于大学的精神和风气，主张培养自由研究学术的空气”时显然同意这些观点，所以才会抄在自己的日记中，但同时又批评《大公报》的文章“有许多处说来好像隔靴搔痒。有暇当为文论之”。9月12日，他即写下《我国大学教育之前途》一文，称：“大学能彻底地培养理智，于道德必大有裨益。凡是有真知灼见的人，无论社会如何腐化，政治如何不良，他必独行其是。惟有求真理心切，才能成为大仁大勇，肯为真理而牺牲身家性命。……许多人之所以盲从、自私、贪污、卑鄙，只是未能彻底明白事理。”
从一开始当校长竺可桢就想争得办学的自主权，他提出的三条要求中就包括“用人校长有全权”这一条，得到了蒋介石的口头承诺，在以后的十三年中大致也做到了。1946年7月19日他在日记中说：“对于教育与政治总以为不应过于接近。”他还说过：“关于政治党派余均不感兴趣。”由于他兼收并蓄的气度和胸怀，在他主持的十三年中，浙江大学是超越于党派之外的，倾向国民党的教授张其昀也好，无党派的自由主义教授费巩也好，倾向左翼的教授严仁赓、张君川等也罢，都能施展自己的才华，安心从事教学、研究，并不因为政治态度而有所偏废。浙大“无门户党派之争”让他一直引以自豪。竺可桢多次指出，“办教育之基本信仰与警察厅长不同”，“对办大学的基本信仰，必须有人人可以为圣人之信仰，然后可以办教育”。他认为在一个政治动荡的时代，学校更不应加入政党纷争之中，“余来此乃办学校而非办党也”。他说自己“素来对于政党毫无兴趣，而且深深痛恶陈立夫的作风和宋子文、孔祥熙的贪污”。这是他之所以多次拒绝加入国民党的原因。本来国民党规定只有党员可以担任训导长，但他认为聘训导长的标准应该是“资格极好，于学问、道德、才能为学生所钦仰而能教课者为限”。在他心目中，先后做过训导长的费巩、苏步青等大概都是这样的人。
1942年浙大反孔游行后，他对马国钧袒露了自己的心迹：“目前，国立大学的校长们中，只有我和梅贻琦先生两人，还不是中国国民党的党员。我深知，政治上许多事极为复杂。如果我不顾大局，只图意气用事，立即辞职的话，不幸引起其他枝节来了，我将何以自处？顾全个人容易，顾全大局维艰！”
国民党强硬势力将浙大称为“共匪之租界”，实际上竺可桢本人从来不赞成部分学生热衷左翼政治，认为“学校为社会之缩影。因政治不安定，所以学生喜作政治活动，但学生对于政治可以有主见，不能有活动”。“学生应埋头求学问，否则从军可也。在学校闹党派，则不特于抗战无益，学校亦不成其学校。”针对各种非议，他多次在日记中说：“知外间批评浙大，谓余放纵学生自由，甚至纵容共党。此种一无根据之谈，本不足辩，惟众口烁金，难免人之轻信耳。”1946年6月12日，他在与马寅初争论时说：“余并不赞成现政府之政策，孔宋贪污，余所痛恨，但吾辈存心须公平。”1947年6月7日他在太平洋船上读白修德所著《中国之震雷》，“对于政府攻击不遗余力。所叙多为事实，但对于共产党则赞扬备至，不免偏激。……闻国内对于此书禁止购买，则大可不必也。诗云：‘他山之石，可以攻玉’”。浙大学生自治会主席于子三被杀害后，他在11月10日的校务会议上说：“余同情于子三之惨死，但并不同情于其政治活动。学生在校，尽可自由信仰，但不得有政治活动。”1948年2月14日，他批评学生自治会代表说：“自治会对政治兴趣太浓、舆论太偏、手腕太玩弄。”“但过去自治会所出之《浙大周刊》、《求是周刊》以及学报，对于学术文字完全不载，满篇都是骂政府之文字，无怪乎外人以浙大为共产党之集中地也。”4月13日，他召集会议讨论学潮问题时称：“以今昨两日申、新及杭州《正报》所登浙大为共产党所策动中心，故迟早军警必来校捕人，而学生尚不自检点，到处张（贴）反政府骂人以及侮辱元首之壁报。”12月13日，他与浙江省主席陈仪谈话时坦承“校中壁报确为左派学生所操纵，校中自应加以取缔”。当天下午他去看壁报，“在壁报上见到捧张学良、杨虎城之文。大致说来，可谓一致反对政府之言论，无怪乎外间攻击浙大为共匪张目之中心矣。许多新闻译自《字林西报》，但均为对于政府不利之消息，盖得自共产党广播者也”。1949年1月2日晚，他观看了学生游艺会，其中有“讥讽政府”的《逃》、《皇帝与太阳》等话剧。4月5日晚，他带着孩子去参加浙大合唱团春季音乐会，合唱中有浙大音乐教师沈思岩作曲的《贵州谣》、《八月葵花》等歌曲，他在日记中说“均嫌政治气味太重”。
对青年学生的普遍“左”倾竺可桢有自己的看法。在1948年12月20日的日记中他以气象学家赵九章为例说：“九章于二十年前曾在工业专门为学生，后以思想‘左’倾被校中所知，几于开除，乃离校，但目前可称为‘右’倾阶级矣。可知‘左’倾‘右’倾，于年纪大有关系也。”
国民党五中全会后，要求大学校长必须是国民党员，竺可桢对此很反感。1938年5月30日，他在日记中提及张其昀和陈训慈带来陈布雷的信，要他加入国民党，他认为“国民党之弊，在于当政以后，党员权利多而义务少，因之趋之若鹜，近来与人民全不接近。腐化即由于此。拉拢若干人入党，殊不足改此弊”。1939年3月8日，又有人要竺可桢填国民党入党书，他再次拒绝了，称“但以作大学校长，即须入党，实非办法也”。到1940年前后，竺可桢成了惟一不是国民党员的大学校长。1940年8月，竺可桢居然不顾压力，邀请不是国民党员的费巩出任浙大训导长，而当时国民党当局规定这一职务必须是党员才能担任。以后他虽被迫填写过入国民党志愿书，甚至缺席被选为中央委员，但从未付过党费，也未参加过该党的会议。他在日记中表示：“余对国民党并不反对，但对于入党事极不热心，对于国民党各项行动只有厌恶憎恨而已。……近来党中人处处效法德国纳粹，尤为余所深恶而痛绝。”1948年10月4日，竺可桢在日记中大骂宋子文祸国殃民，认为宋之罪“贪污犹其次，而刚愎自用、不学无术，罪为尤大也”。11月2日，他谴责金圆券吃人，“因此遂无人敢信任政府矣。……如此政府安得不失败哉！”竺可桢曾在日记中说，如果孔祥熙能明正典刑，“则可大快人心耳！”所以抗战胜利后，陈布雷、陈雪屏几次来信要竺可桢重新登记为国民党员，他都复信拒绝了。
直到1949年离开浙大，竺可桢在十三年中都坚持超越于党派纷争之外，完全以一个独立知识分子的面目办大学。他公开主张，“大学是超政治的，三青团不应进入大学”，“大学中不应再有党部，即青年团亦只能作为一种服务团体，如青年会然。学生对于政党信仰完全自由，但不应作政治活动”。有一次，竺可桢曾索看过三青团浙大区团部的报告，“其中三次说及学校环境不适于青年团”。这绝不是偶然的。他认为：“学校之内，毋望有党派之纠葛情事。曾见若干学校，大部时日，浪抛于‘摩擦’之一途，斯诚堪为痛心。以是深冀在教授间无留美、留英之别，在同学间勿执着同乡观念，更毋有‘左’派‘右’派之分。求学时期，固应以全力从事于学术上之研究也。”1948年7月5日，他进一步说：“目前苏联供给我们以马列主义，美国供给我以白米面包，但吾人而有知，应该有独立之思想，不能人云亦云，食人唾余更属可鄙。”
1948年8月8日，竺可桢和浙江省主席陈仪谈及大学思想，认为“办大学的方针以开导为主”。对竺可桢的选择，国民党当局当然不满，一方面他们一再想拉竺可桢去台湾，一方面却又将他与许多有骨气、有人格的知识分子一同列入“和平分子”的黑名单（1949年4月15日，竺可桢的朋友周普文告诉他，周曾见到过特务人员的两张黑名单，一张是“反动分子”，一张是“和平分子”，很多知识界朋友都榜上有名，竺可桢也名列其中）。同时，左翼学生也对竺可桢不是一边倒的选择不满，1949年5月他们曾在浙大校内的壁报指责他：“受英美教育之毒，做�